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- PDB-5y35: Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a small molecule inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y35
タイトルPhosphoglycerate mutase 1 complexed with a small molecule inhibitor KH1
要素Phosphoglycerate mutase 1
キーワードISOMERASE/INHIBITOR / phosphoglycerate mutase 1 / ISOMERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / phosphoglycerate mutase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / gluconeogenesis / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / phosphoglycerate mutase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / gluconeogenesis / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / hydrolase activity / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8LF / Phosphoglycerate mutase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.994 Å
データ登録者Jiang, L.L. / Zhou, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
NSFC21472026 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a small molecule inhibitor KH1
著者: Jiang, L.L. / Zhou, L.
履歴
登録2017年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phosphoglycerate mutase 1
C: Phosphoglycerate mutase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4745
ポリマ－59,8342
非ポリマー6403
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area21060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.836, 85.105, 103.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B and segid B
21chain C and segid C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain B and segid BB0
211chain C and segid CC0

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglycerate mutase 1 / BPG-dependent PGAM 1 / Phosphoglycerate mutase isozyme B / PGAM-B


分子量: 29917.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGAM1, PGAMA, CDABP0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P18669, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent), bisphosphoglycerate mutase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-8LF / ~{N}-[3,4-bis(oxidanyl)-9,10-bis(oxidanylidene)anthracen-2-yl]-4-methyl-benzenesulfonamide


分子量: 409.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H15NO6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, pH 6.0, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 47888 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 24.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 320116
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
1.99-2.067.30.97449600.7380.3840.999100
2.06-2.147.30.7449350.8150.2921.0851000.796
2.14-2.246.40.55941610.9460.2411.07883.60.611
2.24-2.366.50.37241510.9540.1621.05383.60.407
2.36-2.517.30.31149610.9580.1231.0551000.334
2.51-2.77.30.24150000.9730.0961.0341000.26
2.7-2.977.20.18350010.9810.0741.0461000.198
2.97-3.46.70.1450430.9870.061.01199.80.153
3.4-4.295.10.10244270.9850.0511.03287.10.114
4.29-505.60.08352490.990.040.97798.80.093

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXphenix.refine: 1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GPI

4gpi


解像度: 1.994→43.751 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 2415 5.12 %
Rwork0.2162 --
obs0.2177 47158 93.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.69 Å2 / Biso mean: 34.04 Å2 / Biso min: 17.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.994→43.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3782 0 42 302 4126
Biso mean--52.63 36.71 -
残基数----470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093931
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2025341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7761476
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B2197X-RAY DIFFRACTION6.518TORSIONAL
12C2197X-RAY DIFFRACTION6.518TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9939-2.03460.33071430.2592595273894
2.0346-2.07880.25491440.23727752919100
2.0788-2.12720.23861620.231227842946100
2.1272-2.18040.29271370.242827802917100
2.1804-2.23930.4452960.3621827192365
2.2393-2.30520.6486890.54211539162857
2.3052-2.37960.24811310.239228052936100
2.3796-2.46460.27911680.208427592927100
2.4646-2.56330.25711460.203228012947100
2.5633-2.680.22541540.202427822936100
2.68-2.82120.22611410.198428232964100
2.8212-2.99790.22311520.206327952947100
2.9979-3.22940.23691530.210128192972100
3.2294-3.55420.21261370.21328362973100
3.5542-4.06820.23511240.20192221234578
4.0682-5.12420.19371790.16352837301699
5.1242-43.76110.20481590.19932965312498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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