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- PDB-5x1k: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase, LigM, 3-O-methylgallat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x1k
タイトルVanillate/3-O-methylgallate O-demethylase, LigM, 3-O-methylgallate complex form
要素Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lignin / Sphingobium sp.SYK-6
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase / lignin catabolic process / methyltransferase activity / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
3-methoxy-4,5-bis(oxidanyl)benzoic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Harada, A. / Senda, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science14J04356 日本
the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyPlatform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science 日本
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of a new O-demethylase from Sphingobium sp. strain SYK-6
著者: Harada, A. / Kamimura, N. / Takeuchi, K. / Yu, H.Y. / Masai, E. / Senda, T.
履歴
登録2017年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
B: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
C: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,98813
ポリマ－157,8363
非ポリマー1,15110
水4,486249
1
A: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
ヘテロ分子

A: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,42214
ポリマ－105,2242
非ポリマー1,19712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area33000 Å2
手法PISA
2
B: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
C: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,7776
ポリマ－105,2242
非ポリマー5534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area32880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.055, 118.066, 132.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

HOH

21A-742-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase


分子量: 52612.145 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
遺伝子: ligM, SLG_12740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G2IQS7

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#2: 化合物 ChemComp-7WR / 3-methoxy-4,5-bis(oxidanyl)benzoic acid / 3-O-メチル没食子酸


分子量: 184.146 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O5
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 0.1M LiCl, 30%(w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月19日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.44 Å / Num. obs: 178538 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.5 % / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X1I

5x1i


解像度: 2.15→44.818 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.01
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2744 8712 5.09 %
Rwork0.2325 --
obs0.2347 171292 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→44.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10083 0 78 249 10410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90314261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4677653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071869
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.17440.36952680.32285268X-RAY DIFFRACTION96
2.1744-2.20.32563040.3015259X-RAY DIFFRACTION98
2.2-2.22690.32672940.30215356X-RAY DIFFRACTION98
2.2269-2.2550.33643090.29185311X-RAY DIFFRACTION98
2.255-2.28470.32482910.28865424X-RAY DIFFRACTION99
2.2847-2.3160.32513030.29125416X-RAY DIFFRACTION99
2.316-2.34910.35392690.28215422X-RAY DIFFRACTION100
2.3491-2.38420.32792970.28795409X-RAY DIFFRACTION100
2.3842-2.42140.32772820.26755540X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.46110.30822820.26455414X-RAY DIFFRACTION100
2.4611-2.50350.34343280.26875364X-RAY DIFFRACTION100
2.5035-2.54910.27532890.26785466X-RAY DIFFRACTION100
2.5491-2.59810.30742790.26635443X-RAY DIFFRACTION100
2.5981-2.65110.313020.25465385X-RAY DIFFRACTION100
2.6511-2.70870.30072770.25215506X-RAY DIFFRACTION100
2.7087-2.77180.28352710.24385421X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-2.84110.29732760.24775428X-RAY DIFFRACTION100
2.8411-2.91790.3132820.25235471X-RAY DIFFRACTION100
2.9179-3.00370.312740.25275454X-RAY DIFFRACTION100
3.0037-3.10060.28622910.24095419X-RAY DIFFRACTION100
3.1006-3.21140.26442570.23865497X-RAY DIFFRACTION100
3.2114-3.340.27212840.24115447X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.49190.29672660.23795496X-RAY DIFFRACTION100
3.4919-3.67590.28613250.22755411X-RAY DIFFRACTION100
3.6759-3.90610.25573000.215409X-RAY DIFFRACTION100
3.9061-4.20750.22992870.19065450X-RAY DIFFRACTION100
4.2075-4.63050.21642850.17655414X-RAY DIFFRACTION100
4.6305-5.29970.21593240.17395422X-RAY DIFFRACTION100
5.2997-6.67350.2363250.1975414X-RAY DIFFRACTION100
6.6735-44.82740.19762910.1785444X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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