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- PDB-5u7b: Crystal structure of a the tin-bound form of MerB formed from Die... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u7b | |||||||||
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Title | Crystal structure of a the tin-bound form of MerB formed from Diethyltin. | |||||||||
![]() | Alkylmercury lyase | |||||||||
![]() | LYASE / METAL BINDING PROTEIN / Bacterial Proteins / Cysteine / Escherichia coli / Lyases / Mercury / Diethyltin | |||||||||
Function / homology | ![]() alkylmercury lyase / alkylmercury lyase activity / : / response to mercury ion Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wahba, H.M. / Stevenson, M. / Mansour, A. / Sygusch, J. / Wilcox, D.E. / Omichinski, J.G. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and Biochemical Characterization of Organotin and Organolead Compounds Binding to the Organomercurial Lyase MerB Provide New Insights into Its Mechanism of Carbon-Metal Bond Cleavage. Authors: Wahba, H.M. / Stevenson, M.J. / Mansour, A. / Sygusch, J. / Wilcox, D.E. / Omichinski, J.G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 243.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 447.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 450 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5u79SC ![]() 5u7aC ![]() 5u7cC ![]() 5u82C ![]() 5u83C ![]() 5u88C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23058.268 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-BR / | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 23 % polyethylene glycol 2000 MME, 0.2 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M potassium bromide. Before flash freezing, the same precipitant was used except 25% polyethylene glycol MME was used as a cryo-protectant. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Sep 29, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 22423 / % possible obs: 92 % / Redundancy: 2.7 % / Net I/σ(I): 12.07 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5U79 Resolution: 2→46.497 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / Phase error: 25.41
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 148.11 Å2 / Biso mean: 46.5511 Å2 / Biso min: 18.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→46.497 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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Refinement TLS params. | S33: 0.0001 Å ° / Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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