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万見
- PDB-5u40: Human PPARdelta ligand-binding domain in complexed with specific ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u40
タイトルHuman PPARdelta ligand-binding domain in complexed with specific agonist 15
要素Peroxisome proliferator-activated receptor delta
キーワードprotein binding/activator / PPARdelta / ligand-binding domain / agonist / protein binding-activator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / fat cell proliferation / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / positive regulation of fat cell proliferation / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration ...keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / fat cell proliferation / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / positive regulation of fat cell proliferation / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration / proteoglycan metabolic process / fatty acid catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of myoblast proliferation / positive regulation of fatty acid oxidation / phospholipid biosynthetic process / Carnitine shuttle / negative regulation of myoblast differentiation / response to vitamin A / Signaling by Retinoic Acid / positive regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation / cell-substrate adhesion / negative regulation of cholesterol storage / decidualization / nuclear steroid receptor activity / keratinocyte proliferation / NF-kappaB binding / adipose tissue development / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to glucose / fatty acid transport / cellular response to nutrient levels / cholesterol metabolic process / energy homeostasis / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / embryo implantation / negative regulation of miRNA transcription / response to activity / generation of precursor metabolites and energy / apoptotic signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / wound healing / fatty acid metabolic process / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / vasodilation / glucose metabolic process / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / lipid binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7UD / heptyl beta-D-glucopyranoside / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-1,2-PROPANEDIOL / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wu, C.-C. / Baiga, T.J. / Downes, M. / La Clair, J.J. / Atkins, A.R. / Richard, S.B. / Stockley-Noel, T.A. / Bowman, M.E. / Evans, R.M. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for specific ligation of the peroxisome proliferator-activated receptor delta.
著者: Wu, C.C. / Baiga, T.J. / Downes, M. / La Clair, J.J. / Atkins, A.R. / Richard, S.B. / Fan, W. / Stockley-Noel, T.A. / Bowman, M.E. / Noel, J.P. / Evans, R.M.
履歴
登録2016年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
B: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,58515
ポリマ－62,2282
非ポリマー2,35713
水3,279182
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3618
ポリマ－31,1141
非ポリマー1,2467
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2257
ポリマ－31,1141
非ポリマー1,1106
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.340, 94.750, 95.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor delta / PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member ...PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 2 / Peroxisome proliferator-activated receptor beta / PPAR-beta


分子量: 31114.178 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARD, NR1C2, PPARB / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03181
#5: 糖 ChemComp-B7G / heptyl beta-D-glucopyranoside / HEPTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / heptyl beta-D-glucoside / heptyl D-glucoside / heptyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 278.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O6
識別子タイププログラム
heptyl-b-D-GlucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-7UD / 6-[2-({benzyl[4-(furan-3-yl)benzene-1-carbonyl]amino}methyl)phenoxy]hexanoic acid


分子量: 497.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H31NO5
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL


分子量: 76.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Bis-tris propane, potassium chloride, PEG 8000, 1,2-propandiol, EDTA, DTT
PH範囲: 7.5 - 8.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→95.05 Å / Num. obs: 43342 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.278 / % possible all: 61.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9pre_1665精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GWZ

1gwz


解像度: 2→95.05 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 1864 4.31 %
Rwork0.1926 --
obs0.1942 43257 91.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→95.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4164 0 165 182 4511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7366091
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.391675
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05410.3551930.33292113X-RAY DIFFRACTION61
2.0541-2.11460.3524910.29482083X-RAY DIFFRACTION61
2.1146-2.18280.38241280.27412706X-RAY DIFFRACTION78
2.1828-2.26080.3011550.24283377X-RAY DIFFRACTION99
2.2608-2.35140.30661460.21443441X-RAY DIFFRACTION99
2.3514-2.45840.26471690.21123438X-RAY DIFFRACTION99
2.4584-2.5880.21711450.19993414X-RAY DIFFRACTION99
2.588-2.75020.23361500.18973427X-RAY DIFFRACTION99
2.7502-2.96250.2451540.1813445X-RAY DIFFRACTION100
2.9625-3.26070.22011550.18153489X-RAY DIFFRACTION100
3.2607-3.73250.17211670.15493449X-RAY DIFFRACTION100
3.7325-4.70260.16151280.14093514X-RAY DIFFRACTION100
4.7026-95.16120.19161830.18373497X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1247-0.17170.11290.97240.23462.21660.02050.02180.066-0.0290.0078-0.0379-0.1143-0.2281-0.0130.12080.02740.00020.13210.01010.098829.12410.2142219.1495
21.62260.3091-0.38991.1503-0.30071.7885-0.05050.1562-0.09440.00210.0046-0.02240.0989-0.2151-0.02490.0317-0.0434-0.00210.1475-0.01990.082229.3943-38.298207.3506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 174:438 OR RESID 501:506 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:501 )A174 - 438
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 174:438 OR RESID 501:506 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:501 )A501 - 506
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 174:438 OR RESID 501:506 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:501 )B501
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 507:507 ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 174:438 OR RESID 502:506 ) )A507
5X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 507:507 ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 174:438 OR RESID 502:506 ) )B174 - 438
6X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 507:507 ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 174:438 OR RESID 502:506 ) )B502 - 506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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