PDB-5tvt: Structure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tvt

タイトル

Structure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase

要素

Maternal embryonic leucine zipper kinase

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / kinase inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / protein autophosphorylation / cell cortex / non-specific serine/threonine protein kinase / cell population proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Seo, H.-Y. / Huang, H. / Gray, N.S. / Dhe-Paganon, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase
著者: Seo, H.-Y. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2016年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tvt.cif.gz	145.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tvt.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tvt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5twl 5twu 5twy 5twz
類似構造データ	3zn5-3 1uty-d 4bkz-d 5tx3-2 1aqc-d 6vv8-d 5twy-2 4cqg-d 3v5c-2 5cll-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Maternal embryonic leucine zipper kinase

ヘテロ分子

39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.690, 68.650, 105.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Maternal embryonic leucine zipper kinase / hMELK / Protein kinase Eg3 / pEg3 kinase / Protein kinase PK38 / hPK38 / Tyrosine-protein kinase MELK 分子量: 38699.875 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-333 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MELK, KIAA0175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-7LV / 9-(3,5-dichloro-4-hydroxyphenyl)-1-{trans-4-[(dimethylamino)methyl]cyclohexyl}-3-methyl-3,4-dihydropyrimido[5,4-c][1,5]naphthyridin-2(1H)-one 分子量: 514.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₆H₂₉Cl₂N₅O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG3350, 0.1 M MgCl, 0.1M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo-Jet crystal cryocoolers
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→29.362 Å / Num. obs: 19214 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 41.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.09435 / Net I/σ(I): 12.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→29.362 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	932	4.85 %
R_work	0.1897	-	-
obs	0.1917	19214	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→29.362 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2570	0	0	97	2667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2631
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.769	3573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.734	1564
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	444

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.4002	0.3267	126	0.274	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4002-2.5505	0.2923	121	0.2524	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.7473	0.2914	129	0.223	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-3.0235	0.2399	121	0.2073	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0235-3.4604	0.249	134	0.1939	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4604-4.3574	0.1992	146	0.1632	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3574-29.3646	0.2064	155	0.1703	2720	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8869	0.3406	0.2247	1.3668	-0.5731	0.7896	-0.0127	0.4015	0.7018	-0.2839	-0.0857	-0.3578	-0.2712	-0.0254	0.0125	0.3842	0.0175	0.0738	0.4849	0.1041	0.4801	13.9597	78.1389	-6.1218
2	2.0155	0.4965	0.3219	1.8618	1.164	2.3427	-0.2247	-0.3687	0.7577	0.1851	-0.123	-0.2944	-0.8232	0.0256	0.031	0.5108	0.0004	-0.0553	0.5484	-0.0123	0.5844	15.9376	78.4587	8.21
3	2.6659	-0.2836	-1.5611	1.4829	-0.511	1.8605	-0.1803	0.2265	0.0108	-0.0334	0.067	0.0355	0.2491	-0.1066	0.0532	0.4173	-0.0257	-0.046	0.316	-0.0332	0.3279	0.0291	72.329	8.4612
4	1.2678	-0.3527	0.1121	0.3709	-0.2849	1.8176	0.0946	-0.3705	-0.0403	0.211	0.0801	-0.3499	0.0741	0.4541	0.0064	0.5379	-0.0051	-0.0612	0.5195	-0.0436	0.4932	3.8536	79.4087	24.0517
5	1.924	0.6912	0.1852	1.6525	0.3288	2.5566	-0.0653	-0.3592	0.0463	0.3895	-0.0366	0.3177	0.1199	-0.1188	0.0241	0.3772	-0.0221	0.0492	0.3671	-0.0071	0.3821	-10.1411	76.7152	24.7736
6	0.6411	-0.5823	-0.3331	0.7319	-0.3472	1.3124	-0.1669	0.1913	-0.2109	0.0364	-0.0418	-0.0154	0.6891	0.1271	0.1613	0.7684	-0.0109	-0.0135	0.4547	-0.0737	0.6023	2.7463	56.2092	3.5562
7	2.3921	-0.5669	-0.3315	2.8436	0.3508	2.4879	0.2553	0.144	-0.3627	-0.132	-0.18	-0.0518	0.4588	0.4165	0.1009	0.647	0.0887	-0.0166	0.5076	0.0134	0.5406	14.8968	59.3467	-5.4467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 148 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 149 through 186 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 187 through 264 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 265 through 293 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 294 through 333 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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