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- PDB-5th5: Crystal Structure of QueE from Bacillus subtilis with 6-carboxypt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5th5
タイトルCrystal Structure of QueE from Bacillus subtilis with 6-carboxypterin-5'-deoxyadenosyl ester bound
要素7-carboxy-7-deazaguanine synthase
キーワードLYASE / S-Adenosylmethionine radical enzyme / 7-Carboxy-7-deazaguanine synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


7-carboxy-7-deazaguanine synthase / carbon-nitrogen lyase activity / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / S-adenosyl-L-methionine binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
7-carboxy-7-deazaguanine synthase / 7-carboxy-7-deazaguanine synthase-like / : / : / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7C5 / METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.407 Å
データ登録者Grell, T.A.J. / Dowling, D.P. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM72623 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1122374 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: 7-Carboxy-7-deazaguanine Synthase: A Radical S-Adenosyl-l-methionine Enzyme with Polar Tendencies.
著者: Bruender, N.A. / Grell, T.A. / Dowling, D.P. / McCarty, R.M. / Drennan, C.L. / Bandarian, V.
履歴
登録2016年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
B: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
C: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
D: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,12216
ポリマ－117,2934
非ポリマー3,82912
水3,387188
1
A: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
D: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5618
ポリマ－58,6472
非ポリマー1,9146
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
2
B: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
C: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5618
ポリマ－58,6472
非ポリマー1,9146
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.879, 136.835, 141.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11(segid A and resid 3:243) and (name O or name C or name CA or name N)
21(segid B and resid 3:243) and (name O or name C or name CA or name N)
31(segid C and resid 3:243) and (name O or name C or name CA or name N)
41(segid D and resid 3:243) and (name O or name C or name CA or name N)
12(segid A and not (name O or name C or...
22(segid B and not (name O or name C or...
32(segid C and not (name O or name C or...
42(segid D and not (name O or name C or...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth seq-ID
111(segid A and resid 3:243) and (name O or name C or name CA or name N)0
211(segid B and resid 3:243) and (name O or name C or name CA or name N)0
311(segid C and resid 3:243) and (name O or name C or name CA or name N)0
411(segid D and resid 3:243) and (name O or name C or name CA or name N)0
112(segid A and not (name O or name C or...0
212(segid B and not (name O or name C or...0
312(segid C and not (name O or name C or...0
412(segid D and not (name O or name C or...0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
7-carboxy-7-deazaguanine synthase / CDG synthase / Queuosine biosynthesis protein QueE


分子量: 29323.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: queE, ykvL, BSU13740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31677, 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-7C5 / 5'-O-(2-amino-4-oxo-1,4-dihydropteridine-6-carbonyl)adenosine


分子量: 456.372 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16N10O6
#4: 化合物
ChemComp-MET / METHIONINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1 M trisodium citrate (pH 4.2), 1.5 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.407→44.504 Å / Num. obs: 40846 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.407→2.46 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TGS

5tgs


解像度: 2.407→44.504 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.95
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 2045 5.01 %Random Selection
Rwork0.2174 ---
obs0.2187 40805 98.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.407→44.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7592 0 200 188 7980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.12410946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1082892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031370
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11964X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12964X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
13963X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
14964X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
21886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
23888X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
24888X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.407-2.4630.31881230.30362293X-RAY DIFFRACTION88
2.463-2.52460.33741270.29142525X-RAY DIFFRACTION98
2.5246-2.59280.31081270.28042570X-RAY DIFFRACTION100
2.5928-2.66910.32321320.28782579X-RAY DIFFRACTION100
2.6691-2.75520.29021350.27312572X-RAY DIFFRACTION100
2.7552-2.85370.27951500.26212605X-RAY DIFFRACTION100
2.8537-2.96790.29471430.25592558X-RAY DIFFRACTION100
2.9679-3.1030.25031390.24462588X-RAY DIFFRACTION100
3.103-3.26650.28281440.23612598X-RAY DIFFRACTION100
3.2665-3.47110.24121260.2332599X-RAY DIFFRACTION100
3.4711-3.7390.23991530.21082603X-RAY DIFFRACTION100
3.739-4.1150.20881300.18962641X-RAY DIFFRACTION100
4.115-4.70990.21351220.18032658X-RAY DIFFRACTION100
4.7099-5.93180.20671560.1822653X-RAY DIFFRACTION99
5.9318-44.51130.18911380.17052718X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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