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- PDB-5sz9: Structure-based design of a new series of N-piperidin-3-ylpyrimid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sz9
タイトルStructure-based design of a new series of N-piperidin-3-ylpyrimidine-5-carboxamides as renin inhibitors
要素Renin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protein-ligand complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / response to cGMP / drinking behavior / response to immobilization stress / regulation of MAPK cascade / amyloid-beta metabolic process / response to cAMP ...renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / response to cGMP / drinking behavior / response to immobilization stress / regulation of MAPK cascade / amyloid-beta metabolic process / response to cAMP / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / insulin-like growth factor receptor binding / cell maturation / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / regulation of blood pressure / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / : / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-74Y / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Renin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Snell, G.P. / Behnke, C.A. / Okada, K. / Hideyuki, O. / Sang, B.C. / Lane, W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure-based design of a new series of N-(piperidin-3-yl)pyrimidine-5-carboxamides as renin inhibitors.
著者: Imaeda, Y. / Tawada, M. / Suzuki, S. / Tomimoto, M. / Kondo, M. / Tarui, N. / Sanada, T. / Kanagawa, R. / Snell, G. / Behnke, C.A. / Kubo, K. / Kuroita, T.
履歴
登録2016年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,95211
ポリマ－74,3082
非ポリマー1,6449
水2,864159
1
A: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0076
ポリマ－37,1541
非ポリマー8535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9455
ポリマ－37,1541
非ポリマー7914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,85533
ポリマ－222,9236
非ポリマー4,93227
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area19500 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area72110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.129, 140.129, 140.129
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Renin / Angiotensinogenase


分子量: 37153.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00797, renin
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 166分子

#3: 化合物 ChemComp-74Y / (azepan-1-yl)(2-{[(furan-2-yl)methyl]amino}-6-methylpyridin-3-yl)methanone


分子量: 313.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N3O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 % / Mosaicity: 0.834 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 23% PEG600, 0.06M citrate, 0.04M citric acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50.01 Å / Num. obs: 21674 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/av σ(I): 16.485 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.85-2.935.50.515199.8
2.93-3.035.50.416199.9
3.03-3.145.50.3371100
3.14-3.265.50.2631100
3.26-3.415.50.1941100
3.41-3.595.50.1411100
3.59-3.825.50.1081100
3.82-4.115.50.0851100
4.11-4.525.50.071100
4.52-5.185.50.0621100
5.18-6.525.40.0571100
6.52-505.20.044198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 25.942 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2322 1108 5.1 %RANDOM
Rwork0.1842 ---
obs0.1867 20543 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.77 Å2 / Biso mean: 50.09 Å2 / Biso min: 20.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5075 0 112 159 5346
Biso mean--63.69 43.47 -
残基数----666
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9667215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9795665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19224.272213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.50515818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4251516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7493.4252663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3375.1343321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9193.572663
LS精密化 シェル解像度: 2.852→2.926 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 89 -
Rwork0.23 1528 -
all-1617 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89250.3880.5551.67131.33153.1499-0.0098-0.20160.01280.1684-0.12010.11120.0087-0.25110.12990.0260.00430.00990.06540.02180.0701-23.4146-38.6692-5.866
22.25740.3252-0.57761.8198-0.96092.18070.042-0.1410.17510.1306-0.0340.108-0.2091-0.1079-0.0080.09380.0443-0.0280.0798-0.02570.0355-0.0817-22.23317.6395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 78
2X-RAY DIFFRACTION1A79 - 91
3X-RAY DIFFRACTION1A92 - 154
4X-RAY DIFFRACTION1A155 - 248
5X-RAY DIFFRACTION1A249 - 265
6X-RAY DIFFRACTION1A266 - 280
7X-RAY DIFFRACTION1A281 - 298
8X-RAY DIFFRACTION1A299 - 302
9X-RAY DIFFRACTION1A303 - 312
10X-RAY DIFFRACTION1A313 - 340
11X-RAY DIFFRACTION2B4 - 78
12X-RAY DIFFRACTION2B79 - 91
13X-RAY DIFFRACTION2B92 - 154
14X-RAY DIFFRACTION2B155 - 248
15X-RAY DIFFRACTION2B249 - 265
16X-RAY DIFFRACTION2B266 - 280
17X-RAY DIFFRACTION2B281 - 298
18X-RAY DIFFRACTION2B299 - 302
19X-RAY DIFFRACTION2B303 - 312
20X-RAY DIFFRACTION2B313 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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