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- PDB-5st6: PanDDA analysis group deposition -- Aar2/RNaseH in complex with f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5st6
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Aar2/RNaseH in complex with fragment P02D07 from the F2X-Universal Library
要素
  • A1 cistron-splicing factor AAR2
  • Pre-mRNA-splicing factor 8
キーワードSPLICING / FRAGMAX / FRAGMAXAPP / fragment screening / RNaseH like domain / U5 SNRNP assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding ...generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AAR2 N-terminal domain / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain ...AAR2 N-terminal domain / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-2,3-dihydro-1-benzofuran-3-amine / A1 cistron-splicing factor AAR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Barthel, T. / Wollenhaupt, J. / Lima, G.M.A. / Wahl, M.C. / Weiss, M.S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Large-Scale Crystallographic Fragment Screening Expedites Compound Optimization and Identifies Putative Protein-Protein Interaction Sites.
著者: Barthel, T. / Wollenhaupt, J. / Lima, G.M.A. / Wahl, M.C. / Weiss, M.S.
履歴
登録2022年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: A1 cistron-splicing factor AAR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8463
ポリマ－65,7112
非ポリマー1351
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.861, 81.611, 93.408
Angle α, β, γ (deg.)90, 108.62, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 29501.113 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1836-2090 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33334
#2: タンパク質 A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量: 36209.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AAR2, YBL074C, YBL06.06, YBL0611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32357
#3: 化合物 ChemComp-V0X / (3R)-2,3-dihydro-1-benzofuran-3-amine


分子量: 135.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 19% PEG4000, 3% DMSO, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→39.83 Å / Num. obs: 80454 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 11.45 / Num. measured all: 539174
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
4.82-39.836.720.0440.552102221022313031300.9980.04399.5
3.42-39.836.560.04537.723627436274553255320.9980.04999.9
2.8-39.836.430.06326.824578745787712571250.9970.06899.9
2.42-39.836.650.117.85588255882839883980.9950.10899.9
2.17-39.836.880.1511.936537465374950295020.990.16399.8
1.98-39.836.660.2576.68698926989210487104870.9770.27999.8
1.83-39.836.80.533.14771977719711350113500.9260.57599.8
1.71-39.836.841.0721.45839228392212266122660.7721.161100
1.62-39.836.622.030.66838248382412664126640.4612.20497.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
xdsapp3.1.5ddata processing
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.62→39.83 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 2098 -
Rwork0.2044 --
obs0.2055 80385 99.45 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→39.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4408 0 10 116 4534
LS精密化 シェル解像度: 1.62→39.83 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 2098 -
Rwork0.2044 --
obs--99.45 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7559-0.18530.21810.3464-0.1260.31720.03760.029-0.01860.029-0.0199-0.036-0.0186-0.03600.3541-0.00520.0280.31750.02660.343837.927.745525.8162
20.5728-0.03340.12030.90380.22480.50490.0082-0.12550.0351-0.1255-0.0375-0.05590.0351-0.0559-0.00010.3680.00090.00280.37990.02240.304828.065911.829120.8369
30.83030.0952-0.28220.840.43171.15330.08330.3507-0.05160.3507-0.05830.0384-0.05160.038400.3279-0.0292-0.040.32350.0310.36842.623616.169535.8252
40.5015-0.15440.08081.5145-0.39170.38380.17170.3055-0.19490.3055-0.11950.2268-0.19490.2268-0.00010.3586-0.0988-0.01720.3994-0.00960.484151.439924.251837.1814
50.205-0.2151-0.06210.6251-0.3840.51750.0854-0.02470.1026-0.0247-0.0919-0.02820.1026-0.028200.32590.0062-0.00760.2955-0.03550.341712.103811.6233-29.8066
60.86880.27840.48750.4761-0.31481.18110.0103-0.15230.123-0.15230.005-0.14730.123-0.1473-0.00010.3256-0.0097-0.00420.347-0.02650.35476.74467.1451-27.9569
70.15710.07140.45160.82040.13321.22340.00980.12530.01140.1253-0.0355-0.17610.0114-0.17610.00010.354-0.01010.00350.4285-0.03260.328717.29444.4675-2.8987
80.5807-0.33690.01720.70740.69560.9686-0.03060.0270.28410.0270.10630.1780.28410.17800.37260.0288-0.00150.4268-0.03490.394931.3341-0.7745-11.1128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1833:1904)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 1905:1964)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 1965:2027)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 2028:2069)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:66)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 67:137)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 138:251)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 252:317)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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