PDB-5sb6: Tubulin-todalam-10-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sb6

タイトル

Tubulin-todalam-10-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Milanos, L. / Ortega, J.A. / Blum, T.B. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

イタリア,

スイス, 3件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Rational Design of a Novel Tubulin Inhibitor with a Unique Mechanism of Action.
著者: Muhlethaler, T. / Milanos, L. / Ortega, J.A. / Blum, T.B. / Gioia, D. / Roy, B. / Prota, A.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2021年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年6月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5sb6.ent.gz	737.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sb6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5sb6_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sb6_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5sb6_validation.xml.gz	79.7 KB	表示
CIF形式データ	5sb6_validation.cif.gz	108.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sb6	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002214 (5エントリ) 5sb3 5sb4 5sb5 5sb6 5sb7
タイトル	Todalam compounds complexed with T2R-TTL
解説	Crystal structures of Tubulin-todalam-compound complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.270, 156.726, 180.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 477分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-4FK / N-{4-[2-(4-fluoroanilino)-1,3-thiazol-4-yl]phenyl}acetamide 分子量: 327.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄FN₃OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→49.47 Å / Num. obs: 131228 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.421 % / B_iso Wilson estimate: 49.31 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.228 / R_rim(I) all: 0.237 / Χ²: 0.744 / Net I/σ(I): 11.79 / Num. measured all: 1761238 / Scaling rejects: 127

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	11.963	3.662	0.64	114236	9606	9549	0.206	3.822	99.4
2.36-2.43	13.319	3.025	0.86	124803	9372	9370	0.33	3.143	100
2.43-2.5	13.46	2.414	1.12	122635	9112	9111	0.452	2.508	100
2.5-2.57	13.576	2.001	1.39	120622	8887	8885	0.552	2.078	100
2.57-2.66	13.54	1.581	1.78	116446	8603	8600	0.644	1.642	100
2.66-2.75	12.995	1.298	2.15	107978	8310	8309	0.709	1.351	100
2.75-2.85	13.908	1.011	2.94	111928	8048	8048	0.825	1.05	100
2.85-2.97	13.718	0.778	3.85	106030	7729	7729	0.884	0.808	100
2.97-3.1	13.355	0.556	5.32	99387	7442	7442	0.936	0.579	100
3.1-3.25	14.269	0.422	7.31	101711	7129	7128	0.968	0.437	100
3.25-3.43	14.101	0.301	10	95237	6755	6754	0.984	0.312	100
3.43-3.64	13.834	0.203	14.54	88732	6414	6414	0.992	0.211	100
3.64-3.89	13.054	0.137	19.9	79094	6059	6059	0.996	0.143	100
3.89-4.2	13.572	0.099	26.74	76747	5655	5655	0.998	0.103	100
4.2-4.6	13.037	0.072	33.89	67833	5203	5203	0.999	0.075	100
4.6-5.15	14.024	0.064	38.5	66460	4739	4739	0.999	0.067	100
5.15-5.94	13.768	0.076	33.88	57868	4203	4203	0.999	0.078	100
5.94-7.28	12.785	0.069	35.09	45833	3585	3585	0.999	0.071	100
7.28-10.29	12.926	0.037	56.25	36516	2825	2825	1	0.038	100
10.29-49.47	13.051	0.03	70.35	21142	1639	1620	1	0.031	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.28	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.19.1_4122	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 2.3→49.47 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2366	12608	4.98 %
R_work	0.2005	240465	-
obs	0.2023	253073	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.81 Å² / B_iso mean: 65.0158 Å² / B_iso min: 30.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→49.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17243	0	195	461	17899
B_iso mean	-	-	57.81	55.36	-
残基数	-	-	-	-	2179

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3772	415	0.3859	7879	8294	98
2.33-2.36	0.3851	426	0.3642	7970	8396	100
2.36-2.38	0.3945	417	0.355	8048	8465	100
2.38-2.41	0.3273	418	0.3413	8064	8482	100
2.41-2.45	0.3605	423	0.3338	7998	8421	100
2.45-2.48	0.348	424	0.3165	8005	8429	100
2.48-2.51	0.3347	420	0.3169	8009	8429	100
2.51-2.55	0.3319	418	0.3113	8001	8419	100
2.55-2.59	0.3342	418	0.3005	8029	8447	100
2.59-2.63	0.3203	417	0.3011	8011	8428	100
2.63-2.68	0.3043	422	0.3008	8041	8463	100
2.68-2.73	0.3424	417	0.287	8054	8471	100
2.73-2.78	0.2933	418	0.2732	8030	8448	100
2.78-2.84	0.2931	423	0.2553	7969	8392	100
2.84-2.9	0.2926	430	0.2465	8074	8504	100
2.9-2.97	0.2724	417	0.2353	7993	8410	100
2.97-3.04	0.2546	417	0.2269	7999	8416	100
3.04-3.12	0.2782	415	0.2247	8002	8417	100
3.12-3.22	0.2841	421	0.2353	8043	8464	100
3.22-3.32	0.2717	422	0.209	8006	8428	100
3.32-3.44	0.2487	420	0.203	8022	8442	100
3.44-3.58	0.2155	430	0.1846	8059	8489	100
3.58-3.74	0.2386	423	0.1736	8006	8429	100
3.74-3.93	0.2034	418	0.1611	8050	8468	100
3.94-4.18	0.1633	419	0.1534	8030	8449	100
4.18-4.5	0.1785	419	0.1403	8004	8423	100
4.5-4.96	0.1691	425	0.136	8031	8456	100
4.96-5.67	0.2062	421	0.1618	7988	8409	100
5.67-7.14	0.2215	420	0.1807	8036	8456	100
7.15-49.47	0.1803	415	0.1502	8014	8429	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1582	-0.3539	-0.1708	3.5309	1.0369	2.2228	-0.0176	0.0509	0.1846	-0.5973	0.3255	-0.3821	-0.7726	0.3806	-0.2818	0.6025	-0.1618	0.1333	0.4931	-0.15	0.4772	32.075	89.029	51.084
2	0.7051	-0.2069	-0.6386	2.9388	0.7692	0.9567	0.1163	-0.0131	-0.0714	0.5773	0.1634	-0.3283	0.2124	0.4184	-0.2062	0.5172	0.0167	-0.0017	0.5572	-0.1452	0.51	30.086	73.595	59.233
3	1.682	-0.1293	-0.1046	2.631	0.6369	3.8156	0.1518	-0.0636	0.1146	0.3321	-0.1316	0.2676	-0.1563	-0.2269	-0.0151	0.4243	0.0013	0.0757	0.3511	-0.1049	0.4605	17.045	83.804	67.096
4	0.62	-0.0093	0.1068	2.7608	1.2987	2.3199	-0.0638	-0.1036	0.1238	0.5674	0.0103	0.3388	-0.0045	-0.0073	0.0522	0.5064	-0.0128	0.0977	0.4468	-0.0861	0.4681	18.934	82.507	73.491
5	0.8948	0.5751	0.4703	2.5811	0.6325	2.6866	0.0743	0.0002	-0.2185	0.5772	0.4088	-0.3232	0.4459	0.9232	-0.3727	0.4768	0.1261	-0.1011	0.4499	-0.1193	0.4793	32.694	61.446	61.145
6	2.1439	-0.6063	-0.4834	2.5421	-0.3972	1.9473	0.0386	0.0438	0.2905	-0.3716	-0.0287	0.2593	-0.6887	-0.2785	-0.0173	0.5782	0.065	-0.0257	0.4481	-0.0532	0.5355	16.26	69.689	19.558
7	1.5703	0.001	-0.1984	2.2156	1.4575	3.0793	0.0093	0.0305	0.0886	-0.0554	-0.0583	0.0554	-0.1682	-0.0463	0.0247	0.2842	0.0185	0.0092	0.3611	-0.0592	0.3748	20.41	55.556	25.501
8	2.4101	-0.4485	0.4508	1.9343	0.1036	3.1031	-0.2226	-0.1289	0.1387	0.1917	-0.0748	0.436	-0.1216	-0.9193	0.262	0.4153	0.0319	0.047	0.6027	-0.1864	0.527	6.342	59.546	42.873
9	0.755	0.0101	0.5051	2.4579	0.8061	2.495	-0.03	-0.0914	-0.1418	0.5006	-0.0315	0.1304	0.5119	0.0094	0.0131	0.3676	-0.0235	-0.0131	0.3772	-0.0186	0.3922	21.102	39.794	32.154
10	1.2149	-0.1536	-0.0977	2.8445	0.3847	1.3088	-0.0247	0.1679	0.1051	-0.2766	0.078	-0.0641	-0.1413	0.1503	-0.0437	0.3397	-0.0732	0.0365	0.433	-0.0379	0.3766	20.256	32.751	-12
11	0.8683	-0.3067	-0.0018	1.4341	1.1471	1.804	-0.033	-0.0379	0.1005	0.0757	-0.0491	0.1196	0.0379	-0.1831	0.0802	0.2401	-0.0696	0.0455	0.3036	-0.0242	0.3459	7.9	25.619	3.131
12	2.6725	-0.757	0.6508	2.343	-0.342	1.7435	-0.2024	0.4758	0.1318	-0.7353	0.272	-0.0583	0.0323	-0.0217	-0.044	0.6842	-0.1266	0.037	0.8073	-0.0746	0.4238	17.412	9.563	-43.971
13	1.8529	0.2162	-0.4542	0.9914	0.0828	2.254	-0.1196	0.3589	-0.1592	-0.3647	0.1751	-0.1526	0.2669	0.2048	-0.0427	0.5663	-0.0275	0.0777	0.5749	-0.1778	0.4565	22.87	-2.544	-34.199
14	1.1299	-1.0403	-0.9685	2.2925	0.576	0.8685	-0.0612	0.163	-0.4459	-0.282	-0.1344	0.7737	0.3585	-0.5603	0.1963	0.6513	-0.1264	-0.0379	0.7428	-0.1805	0.6264	1.97	-6.31	-24.985
15	1.5275	-0.049	0.0784	1.354	0.3791	2.3667	-0.1501	0.2895	-0.1389	-0.1236	0.0714	0.0619	0.2649	-0.2648	0.0565	0.5571	-0.0899	0.0399	0.534	-0.0884	0.4444	8.757	-1.955	-20.899
16	2.7663	0.1223	-0.4425	1.7984	-0.2841	2.0609	-0.1022	0.1459	-0.7341	0.0739	0.1218	-0.2064	0.5816	0.4101	-0.0677	0.8453	0.0697	0.0446	0.6246	-0.2089	0.7491	30.365	-17.507	-24.635
17	1.7421	-1.4063	-0.5919	2.3692	0.774	1.1974	-0.2207	-0.3583	0.0771	0.7961	0.3084	-0.561	-0.0526	0.6515	-0.1468	1.0184	-0.0773	-0.0577	0.7716	-0.1868	0.606	27.469	92.008	82.165
18	0.2268	-0.527	-0.7204	0.39	0.4513	0.8034	-0.0632	-0.007	-0.0339	0.3659	0.3814	-0.3716	0.513	0.5904	-0.3419	0.4974	0.0657	0.0252	0.787	-0.2261	0.705	42.984	28.517	5.002
19	2.0792	0.0281	-1.773	2.2112	0.5153	2.7362	-0.3064	0.3954	-0.6103	-0.1493	0.0452	-0.0847	0.9378	-0.351	0.2316	0.9013	-0.0937	0.135	0.6066	-0.1287	0.6817	6.122	54.158	69.808
20	1.2842	0.2844	0.6557	0.9519	-0.9093	2.65	-0.0724	-0.5483	0.1528	0.3693	-0.4645	-0.7952	-0.3393	1.6414	0.4932	0.839	0.0157	-0.1468	1.3276	0.077	0.7912	15.477	63.429	103.168
21	0.9892	-0.0694	0.4354	1.5908	-0.2968	1.3861	-0.1492	-0.5925	-0.7418	0.3799	-0.3624	-0.65	0.901	1.4429	0.4054	1.0452	0.2532	0.0825	1.2618	0.4325	1.0432	10.714	50.784	106.046
22	1.3385	0.8346	-1.1185	0.913	0.1214	2.4671	-0.3456	0.0812	-0.6763	0.1352	0.1225	-0.0722	0.9354	-0.0048	0.1993	1.1596	0.0995	0.2379	0.587	0.1	0.9125	-3.483	50.03	98.822
23	2.6121	0.0036	-1.1962	1.0058	0.0904	2.2204	-0.3066	0.033	-0.5933	0.0126	0.2903	-0.1246	0.6947	-0.0915	0.0188	0.866	-0.0136	0.1199	0.5205	0.0054	0.6307	1.018	57.481	87.856
24	3.7	-0.8325	-1.3501	1.0808	-1.66	4.9907	0.0195	0.6581	-0.088	-0.1571	0.229	0.3559	-0.1927	-0.921	-0.2885	0.6961	0.0008	0.0144	0.7386	-0.0173	0.7385	-7.626	62.514	79.285

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 161:199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 200:311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 312:401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 402:437 )	A	402 - 437
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 1:88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 89:259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 260:372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 373:437 )	B	373 - 437
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 1:197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 198:440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 1:88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 89:273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 274:311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 312:399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 400:441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN E AND RESID 6:46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN E AND RESID 47:141 )	E	47 - 141
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN F AND RESID 1:66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN F AND RESID 67:140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN F AND RESID 141:207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN F AND RESID 208:297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN F AND RESID 298:354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN F AND RESID 355:381 )	F	355 - 381

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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