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- PDB-5r89: PanDDA analysis group deposition INTERLEUKIN-1 BETA -- Fragment Z... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5r89
タイトルPanDDA analysis group deposition INTERLEUKIN-1 BETA -- Fragment Z217038356 in complex with INTERLEUKIN-1 BETA
要素Interleukin-1 beta
キーワードSIGNALING PROTEIN / IL-1 BETA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle adaptation / positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of myosin light chain kinase activity / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of glucose transmembrane transport / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of cell adhesion molecule production ...smooth muscle adaptation / positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of myosin light chain kinase activity / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of glucose transmembrane transport / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of cell adhesion molecule production / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of complement activation / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / sequestering of triglyceride / cellular response to interleukin-17 / positive regulation of RNA biosynthetic process / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of neuroinflammatory response / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of fever generation / fever generation / CLEC7A/inflammasome pathway / regulation of establishment of endothelial barrier / Interleukin-1 processing / response to carbohydrate / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of synaptic transmission / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of p38MAPK cascade / response to ATP / : / Interleukin-10 signaling / regulation of insulin secretion / positive regulation of cell division / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / ectopic germ cell programmed cell death / Pyroptosis / negative regulation of lipid catabolic process / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of glial cell proliferation / JNK cascade / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / embryo implantation / neutrophil chemotaxis / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic nuclear division / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of MAP kinase activity / secretory granule / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of neurogenesis / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / Interleukin-1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell migration / inflammatory response / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S7D / Interleukin-1 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者De Nicola, G.F. / Nichols, C.E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Mining the PDB for Tractable Cases Where X-ray Crystallography Combined with Fragment Screens Can Be Used to Systematically Design Protein-Protein Inhibitors: Two Test Cases Illustrated ...タイトル: Mining the PDB for Tractable Cases Where X-ray Crystallography Combined with Fragment Screens Can Be Used to Systematically Design Protein-Protein Inhibitors: Two Test Cases Illustrated by IL1 beta-IL1R and p38 alpha-TAB1 Complexes.
著者: Nichols, C. / Ng, J. / Keshu, A. / Kelly, G. / Conte, M.R. / Marber, M.S. / Fraternali, F. / De Nicola, G.F.
履歴
登録2020年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7974
ポリマ－17,3961
非ポリマー4013
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.470, 54.470, 75.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 beta / IL-1 beta / Catabolin


分子量: 17395.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1B, IL1F2 / 発現宿主: escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01584
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-S7D / 1-[(2~{S})-2-methylmorpholin-4-yl]-2-pyrazol-1-yl-ethanone


分子量: 209.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 2.8M ammonium sulphate, 0.1M Tris pH7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96871 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96871 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→44.16 Å / Num. obs: 26525 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 18.4 / Num. measured all: 175253 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.696.62.1121290419510.3470.8852.2920.8100
7.38-44.166.30.01720233220.9990.0070.01867.899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2NVH

2nvh


解像度: 1.65→44.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.888 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2305 1310 4.9 %RANDOM
Rwork0.1922 ---
obs0.1941 25183 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.67 Å2 / Biso mean: 35.29 Å2 / Biso min: 21.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→44.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1170 0 25 101 1296
Biso mean--62.48 45.17 -
残基数----149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0142299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.6652528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3281.6063949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.585257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.26724.475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29715325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.205156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0533.6511242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0793.6061221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0415.1541239
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 73 -
Rwork0.329 1877 -
all-1950 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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