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万見
- PDB-5r4u: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of HUMAN CL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5r4u
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of HUMAN CLEAVAGE FACTOR IM in complex with EN08775-43
要素Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / NUDIX domain / XChemExplorer / CPSF5 / RNA PROCESSING / CLEAVAGE FACTOR / MRNA PROCESSING / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / RNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of pro-B cell differentiation / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / positive regulation of stem cell differentiation / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / paraspeckles / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing ...positive regulation of pro-B cell differentiation / mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / positive regulation of stem cell differentiation / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / paraspeckles / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / protein heterotetramerization / post-transcriptional regulation of gene expression / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / centriolar satellite / protein tetramerization / histone deacetylase binding / mRNA processing / cell differentiation / nuclear body / mRNA binding / centrosome / chromatin binding / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cleavage/polyadenylation specificity factor subunit 5 / Nucleotide hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-RWM / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Kidd, S.L. / Mateu, N. / Talon, R. / Krojer, T. / Aimon, A. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Diaz-Saez, L. / Sore, H.F. / Madin, A. ...Kidd, S.L. / Mateu, N. / Talon, R. / Krojer, T. / Aimon, A. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Diaz-Saez, L. / Sore, H.F. / Madin, A. / Huber, K.V.M. / von Delft, F. / Spring, D.R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition
著者: Kidd, S.L. / Mateu, N. / Talon, R. / Krojer, T. / Aimon, A. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Diaz-Saez, L. / Sore, H.F. / Madin, A. / Huber, K.V.M. / von Delft, F. / Spring, D.R.
履歴
登録2020年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
B: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,58912
ポリマ－45,7492
非ポリマー84010
水4,576254
1
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
ヘテロ分子

A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,78712
ポリマ－45,7492
非ポリマー1,03810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
2
B: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
ヘテロ分子

B: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,39012
ポリマ－45,7492
非ポリマー64110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area3520 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.060, 59.060, 212.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 25 kDa subunit / CPSF 25 kDa subunit / Cleavage ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 25 kDa subunit / CPSF 25 kDa subunit / Cleavage factor Im complex 25 kDa subunit / CFIm25 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 21 / Nudix motif 21 / Nudix hydrolase 21 / Pre-mRNA cleavage factor Im 68 kDa subunit


分子量: 22874.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT21, CFIM25, CPSF25, CPSF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43809
#2: 化合物 ChemComp-RWM / (5S)-5-methyl-5-[(3-phenyl-1,2-oxazol-5-yl)methyl]pyrrolidine-2,4-dione


分子量: 270.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 0.1M acetate pH 5.1, 0.0025M ZnAC, 6% PEG3K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→49.73 Å / Num. obs: 33630 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 310501 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.92-1.978.87.382094423750.3952.6487.8570.695.2
8.59-49.738.20.05837844630.9970.0220.06333.499.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3BAP

3bap


解像度: 1.92→49.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 5.652 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2655 1684 5 %RANDOM
Rwork0.2136 ---
obs0.2162 31864 98.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 161.08 Å2 / Biso mean: 31.716 Å2 / Biso min: 15.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20.31 Å20 Å2
2--0.62 Å2-0 Å2
3----2.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→49.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3160 0 38 254 3452
Biso mean--60.7 39.91 -
残基数----394
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.6725018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2571.5827794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9785461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97722.105190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43115609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6431523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8263.2641861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8223.261853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.534.892245
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 118 -
Rwork0.409 2247 -
all-2365 -
obs--94.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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