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万見
- PDB-5r0m: PanDDA analysis group deposition -- Aar2/RNaseH in complex with f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5r0m
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Aar2/RNaseH in complex with fragment F2X-Entry H12, DMSO-free
要素
  • A1 cistron-splicing factor AAR2
  • Pre-mRNA-splicing factor 8
キーワードSPLICING / FragMAX / FragMAXapp / fragment screening / RNaseH like domain / VHS like domain / U5 snRNP assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding ...generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aar2, C-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / AAR2 N-terminal domain / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region ...Aar2, C-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / AAR2 N-terminal domain / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Ribonuclease H-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-(2-thiophen-2-ylethyl)pyridine-4-carboxamide / A1 cistron-splicing factor AAR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wollenhaupt, J. / Metz, A. / Barthel, T. / Lima, G.M.A. / Heine, A. / Mueller, U. / Klebe, G. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: F2X-Universal and F2X-Entry: Structurally Diverse Compound Libraries for Crystallographic Fragment Screening.
著者: Wollenhaupt, J. / Metz, A. / Barthel, T. / Lima, G.M.A. / Heine, A. / Mueller, U. / Klebe, G. / Weiss, M.S.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22021年3月10日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type ..._diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.monochromator / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: A1 cistron-splicing factor AAR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1764
ポリマ－65,7112
非ポリマー4652
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.375, 81.975, 93.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-401-

SZA

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 29501.113 Da / 分子数: 1 / 断片: yPrp8 RNaseH (UNP Residues 1836-2096) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33334
#2: タンパク質 A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量: 36209.836 Da / 分子数: 1 / 断片: GAMA - Aar2(1-152) - SSSSS - Aar2(171-317) / Mutation: L153_D170delinsSSSSS / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AAR2, YBL074C, YBL06.06, YBL0611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32357
#3: 化合物 ChemComp-SZA / ~{N}-(2-thiophen-2-ylethyl)pyridine-4-carboxamide


分子量: 232.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C12H12N2OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 0.2M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.827 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→22.02 Å / Num. obs: 69289 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.878 % / Biso Wilson estimate: 42.272 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 1.057 / Net I/σ(I): 12.78 / Num. measured all: 477239
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allRejects% possible all
1.7-1.86.852.6590.557645511159109750.3272.874690.984
1.8-1.926.991.321.187373510554105460.6691.42760.999
1.92-2.086.620.6182.6465105983498220.8970.67170.999
2.08-2.286.460.2795.6858253902390240.9720.30411
2.28-2.547.280.14811.4459594818681820.9920.15901
2.54-2.947.170.08119.9651744721872130.9970.087190.999
2.94-3.596.750.04932.5241589616361490.9980.05310.998
3.59-5.066.470.03545.2830924478347730.9990.03800.998
5.06-507.330.03650.8419840270626950.9990.03900.996

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0238位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.7→22.02 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 2099 3.03 %
Rwork0.2063 67192 -
obs0.2077 69289 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 273.15 Å2 / Biso mean: 65.4282 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→22.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4402 0 40 97 4539
Biso mean--40.75 47.62 -
残基数----537
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.740.50181330.48744262439596
1.74-1.780.43891400.433844924632100
1.78-1.830.40441390.391944814620100
1.83-1.880.38911390.35744534592100
1.88-1.940.38231400.321544824622100
1.94-2.010.31251400.273244894629100
2.01-2.090.30311390.250844604599100
2.09-2.190.28441390.236244624601100
2.19-2.30.28571410.220445094650100
2.3-2.450.27081400.216944884628100
2.45-2.640.24731410.222744944635100
2.64-2.90.28111400.227244974637100
2.9-3.320.29271410.226345134654100
3.32-4.180.20591410.168345054646100
4.18-22.020.20111440.160146054749100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1117-0.5244-0.17560.45810.15731.08430.09060.0501-0.1537-0.0144-0.09970.0821-0.0239-0.0772-0.00010.39970.00310.00390.34890.06310.405137.84737.982925.7504
21.5322-0.02130.18151.4970.08320.46760.03840.2082-0.0179-0.2593-0.07610.06270.043-0.1488-0.00010.37080.03620.00890.34880.04480.233127.892511.987220.9103
31.3099-0.3846-0.00160.95150.32161.66650.0447-0.11860.24290.1613-0.0017-0.1338-0.09670.094-0.00010.3591-0.017-0.00240.35650.05770.418242.704516.571935.5525
40.5987-0.0130.0010.83730.63170.66440.1903-0.2480.35480.04490.0391-0.2116-0.46230.266-0.00020.4211-0.10810.0380.4712-0.00510.5751.060124.653236.7246
50.4618-0.487-0.18690.8786-0.3110.90410.05230.05440.033-0.1815-0.17220.0945-0.0568-0.1402-0.00010.4535-0.0006-0.03790.3927-0.06120.448511.963311.7707-29.7216
61.19920.18570.21660.7939-0.23772.2207-0.0191-0.0324-0.0379-0.2546-0.07440.2831-0.0228-0.3973-0.00020.3946-0.0009-0.05610.4276-0.10540.4266.51237.3057-27.8495
70.35390.0190.50080.42670.41552.1024-0.1003-0.24440.14360.1114-0.05160.0172-0.0296-0.33870.00010.428-0.0209-0.00250.507-0.06730.392516.91714.6262-2.6942
81.1457-0.09170.3490.81781.18381.6767-0.0246-0.04290.09620.00820.0946-0.16140.18340.2753-00.44480.0035-0.00980.4491-0.05220.442831.0052-0.7191-10.8335
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1833:1904)A1833 - 1904
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 1905:1964)A1905 - 1964
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 1965:2027)A1965 - 2027
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 2028:2069)A2028 - 2069
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:66)B1 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 67:137)B67 - 137
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 138:251)B138 - 251
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 252:317)B252 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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