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- PDB-5qy4: PanDDA analysis group deposition -- Aar2/RNaseH in complex with f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qy4
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Aar2/RNaseH in complex with fragment F2X-Entry B08a
要素
  • A1 cistron-splicing factor AAR2
  • Pre-mRNA-splicing factor 8
キーワードSPLICING / FragMAX / FragMAXapp / fragment screening / RNaseH like domain / VHS like domain / U5 snRNP assembly / F2X-Entry
機能・相同性
機能・相同性情報


generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding ...generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aar2, C-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / AAR2 N-terminal domain / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region ...Aar2, C-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / AAR2 N-terminal domain / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Ribonuclease H-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
R-1,2-PROPANEDIOL / Chem-T9S / A1 cistron-splicing factor AAR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Weiss, M.S. / Wollenhaupt, J. / Metz, A. / Barthel, T. / Lima, G.M.A. / Heine, A. / Mueller, U. / Klebe, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: F2X-Universal and F2X-Entry: Structurally Diverse Compound Libraries for Crystallographic Fragment Screening.
著者: Wollenhaupt, J. / Metz, A. / Barthel, T. / Lima, G.M.A. / Heine, A. / Mueller, U. / Klebe, G. / Weiss, M.S.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: A1 cistron-splicing factor AAR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4408
ポリマ－65,7112
非ポリマー7296
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.301, 81.865, 94.408
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 29501.113 Da / 分子数: 1 / 断片: yPrp8 RNaseH (UNP Residues 1835-2096) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33334
#2: タンパク質 A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量: 36209.836 Da / 分子数: 1 / 断片: GAMA - Aar2(1-152) - SSSSS - Aar2(171-317) / Mutation: L153_D170delinsSSSSS / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AAR2, YBL074C, YBL06.06, YBL0611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32357

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非ポリマー , 4種, 116分子

#3: 化合物 ChemComp-T9S / ethyl 1,3-dihydro-2H-pyrrolo[3,4-c]pyridine-2-carboxylate


分子量: 192.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 19% (w/v) Peg 4000, 3% (v/v) DMSO, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.827 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→44.72 Å / Num. obs: 83483 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.84 % / Biso Wilson estimate: 39.136 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.253 / Net I/σ(I): 13.41 / Num. measured all: 600728
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allRejects% possible all
1.57-1.676.392.4780.429165014335134330.3482.6771290.937
1.67-1.786.91.2141.039319613499133640.7061.30970.99
1.78-1.936.850.5882.48588612543124470.9040.63550.992
1.93-2.116.750.2735.677804011568115200.9780.296110.996
2.11-2.366.890.1411.657218310479104500.9930.15220.997
2.36-2.726.890.08420.2263884926692540.9970.09100.999
2.72-3.336.630.0533.3252070785578280.9990.05400.997
3.33-4.76.640.03350.0240578611260940.9990.03640.997
4.7-506.750.02954.9323241344134280.9990.03280.996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0238位相決定
PHENIX1.16.3549精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.57→44.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.938 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22119 4261 4.9 %RANDOM
Rwork0.22034 ---
obs0.2212 83483 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.54 Å2 / Biso mean: 35.42 Å2 / Biso min: 19.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4 Å2-0 Å2-0.19 Å2
2---1.39 Å2-0 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→44.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4537 0 90 115 4742
Biso mean--46.61 36.77 -
残基数----554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0136618
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0175973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.6579191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3611.5914044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0345915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88223.393333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.126151197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9161530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.73.5243198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.73.5233197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6875.2374279
LS精密化 シェル解像度: 1.573→1.614 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22119 4261 -
Rwork0.22034 5368 -
all-9629 -
obs--86.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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