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万見
- PDB-5qi2: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qi2
タイトルPanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) -- Crystal Structure of human PARP14 Macrodomain 3 in complex with FMOPL000110a
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 14
キーワードTRANSFERASE / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / macrodomain / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity ...positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / enzyme binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PARP-14, RNA recognition motif 2 / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. ...PARP-14, RNA recognition motif 2 / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-methyl-3-[3-(2-methylpyrimidin-4-yl)phenyl]urea / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Schuller, M. / Talon, R. / Krojer, T. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Zhang, R. / von Delft, F. / Schuler, H. / Kessler, B. / Knapp, S. ...Schuller, M. / Talon, R. / Krojer, T. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Zhang, R. / von Delft, F. / Schuler, H. / Kessler, B. / Knapp, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Elkins, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands)
著者: Schuller, M. / Talon, R. / Krojer, T. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Zhang, R. / von Delft, F. / Schuler, H. / Kessler, B. / Knapp, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Elkins, J.
履歴
登録2018年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2005
ポリマ－19,8091
非ポリマー3914
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.280, 41.693, 111.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2


分子量: 19808.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP14, BAL2, KIAA1268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q460N5, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GUV / 1-methyl-3-[3-(2-methylpyrimidin-4-yl)phenyl]urea


分子量: 242.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14N4O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.77 % / Mosaicity: 0.05 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 80 mM KBr, 30 % PEG2kMME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→111.37 Å / Num. obs: 62559 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 22.4 / Num. measured all: 296671 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.08-1.131.30.148602047910.9610.1470.2092.548.6
3.4-111.375.80.0351402924200.9960.0160.03951.298.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4ABL

4abl


解像度: 1.08→55.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.931 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1704 3207 5.1 %RANDOM
Rwork0.1435 ---
obs0.1448 59274 89.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.87 Å2 / Biso mean: 16.121 Å2 / Biso min: 7.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.08→55.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1380 0 24 202 1606
Biso mean--19.12 28.52 -
残基数----182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4351.9522068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9482.9883313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8385204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.3625.69265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.33615275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.348154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.231.388786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2161.386785
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6052.0921000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.50132940
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.7425148
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.52752966
LS精密化 シェル解像度: 1.076→1.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 105 -
Rwork0.233 1811 -
all-1916 -
obs--37.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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