PDB-5qcy: Crystal structure of BACE complex with BMC008

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qcy

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC008

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qcy.cif.gz	461.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qcy.ent.gz	394.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5qcy_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qcy_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5qcy_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	5qcy_validation.cif.gz	64.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/5qcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/5qcy	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

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関連構造データ

類似構造データ	2p8h-d 5qcv-2 5qcs-2 5qct-3 3vf3-d 3dv1-1 6wny-d 3k5g-1 3n4l-1 5qcz-3 5qd3-1 6eqm-d 5qcv-1 1ym2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.090, 102.873, 101.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 169 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-E5P / (9R,11S)-11-[(1R)-1-hydroxy-2-({[3-(propan-2-yl)phenyl]methyl}amino)ethyl]-9-methyl-16-(1,3-oxazol-2-yl)-3-[(1R)-1-phenylethyl]-3,12-diazabicyclo[12.3.1]octadeca-1(18),14,16-triene-2,13-dione 分子量: 650.849 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₀N₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.11 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 5-FOLD ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 5-FOLD EXCESS OF BMC008 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN DMSO (2.0% DMSO IN DROP). CRYO- PROTECTANT WAS 1.2M AMMONIUM SULFATE, 25%(V/V)GLYCEROL, 2.0% DMSO, 1MM BMC008.

結晶

マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.11 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 5-FOLD ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.152→17.423 Å / Num. obs: 88152 / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs: 0.051

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→17.42 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	4451	5.05 %
R_work	0.169	-	-
obs	0.17	88152	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→17.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8903	0	144	463	9510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9296
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.907	12643
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.315	5409
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1621

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5431	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5431	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5431	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.152-2.1764	0.2607	143	0.2016	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1764-2.202	0.2568	155	0.1914	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.202-2.2288	0.2516	141	0.182	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2288-2.257	0.2252	153	0.1836	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.257-2.2866	0.2481	169	0.1767	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2866-2.3178	0.2327	147	0.177	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3178-2.3509	0.2448	150	0.1763	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3509-2.3859	0.2083	152	0.1773	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3859-2.4231	0.2216	136	0.1808	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4231-2.4627	0.2209	139	0.1735	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4627-2.505	0.2116	131	0.1801	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.505-2.5505	0.2105	165	0.1722	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5994	0.2317	135	0.1782	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5994-2.6522	0.202	138	0.1809	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6522-2.7097	0.2356	159	0.1864	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7097-2.7725	0.2271	165	0.1904	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7725-2.8415	0.2284	145	0.1925	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8415-2.918	0.2315	136	0.1835	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.918-3.0035	0.2356	128	0.1935	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0035-3.0999	0.251	143	0.1843	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0999-3.21	0.2194	137	0.1889	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.3377	0.2115	139	0.1825	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3377-3.4884	0.1932	153	0.1775	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4884-3.6707	0.1923	149	0.1648	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6707-3.8983	0.1812	152	0.1555	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8983-4.1954	0.1617	174	0.1494	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1954-4.6105	0.164	140	0.1323	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6105-5.2615	0.1708	157	0.1367	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2615-6.5693	0.2101	158	0.1768	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5693-17.4239	0.2023	162	0.1704	2848	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2316	-0.0111	-0.1649	0.6295	-0.3532	0.5804	-0.2276	-0.053	0.3489	0.5391	0.1128	-0.1807	-0.4554	0.0722	-0.017	0.5028	-0.0466	-0.0655	0.3356	-0.0209	0.341	44.0052	9.7937	26.5166
2	1.2708	-0.1218	0.3228	2.098	-0.5346	1.0998	-0.0362	0.2152	0.2925	-0.0786	-0.03	0.068	-0.3435	0.117	-0.0001	0.4877	-0.0639	-0.0433	0.3211	0.0534	0.3266	41.4751	15.5112	13.1624
3	0.7959	0.0488	0.2214	2.6455	-0.6057	0.9925	-0.0489	0.0861	-0.0217	-0.0053	0.0103	-0.0561	-0.0818	0.1052	0	0.3314	-0.0165	0.0013	0.3278	-0.0224	0.1988	42.9871	-2.5669	17.7164
4	1.0609	-0.1442	-0.5092	1.562	-0.8323	1.1922	0.0404	0.2193	0.0863	-0.0461	0.1816	0.761	-0.1727	-0.183	0.1414	0.2928	0.0525	0.0333	0.2832	0.0344	0.5597	17.4594	-6.5715	22.8127
5	0.6589	0.0893	-0.1599	1.4246	-0.7677	1.3493	-0.0292	-0.1263	0.1257	0.3231	0.2127	0.476	-0.2818	0.063	0.0244	0.387	0.0363	0.102	0.2511	-0.0159	0.3961	24.3046	-6.5701	29.4663
6	1.2908	0.5334	-0.2072	1.1504	-0.1748	0.6157	-0.0337	0.1324	0.1421	0.0919	0.0679	0.4243	-0.1823	0.0697	0.0039	0.3515	0.0503	0.0186	0.2181	0.0013	0.3608	29.7823	-3.2618	22.6193
7	0.7444	-0.4364	0.1974	1.2734	-0.809	0.5068	0.061	0.0728	-0.0325	-0.0249	-0.0038	0.3522	-0.1533	-0.0293	-0.0004	0.339	0.0025	0.0357	0.3062	-0.0248	0.3028	31.539	-14.2904	25.549
8	1.3324	0.0832	0.1572	1.1865	0.0678	0.5751	0.0755	-0.4046	-0.3091	0.2679	-0.0706	0.126	0.0792	-0.3823	-0.0003	0.2875	-0.0556	0.0164	0.4649	0.084	0.3309	13.325	9.1031	-5.1889
9	0.6579	-0.0969	0.2549	0.7841	-0.3925	0.7377	0.0165	-0.29	-0.2438	0.0404	-0.067	0.2864	-0.1147	-0.5426	-0.0002	0.2515	0.016	0.0034	0.628	-0.0353	0.3848	4.4197	14.6708	-10.4957
10	1.8032	0.3961	-0.4666	0.6096	0.2266	1.2731	0.0725	-0.3181	-0.1887	0.0972	-0.0647	0.1209	-0.1068	-0.3534	-0.0001	0.2895	0.0263	-0.0351	0.3119	0.0518	0.3022	17.9984	16.172	-11.0373
11	1.4945	0.4798	-0.0515	1.3067	-0.2415	1.8668	-0.1775	0.4471	-0.464	-0.2545	0.1356	-0.1052	0.1572	0.0082	-0.0069	0.3031	-0.0119	0.024	0.322	-0.1215	0.3789	31.6444	5.8972	-27.2402
12	1.1439	-0.1377	-0.0623	1.0971	-0.0547	0.9196	-0.0854	0.0883	-0.6365	0.0369	0.1346	-0.2174	0.173	0.1482	0.0514	0.3145	0.0698	-0.0119	0.2126	0.0112	0.5613	36.6555	1.3586	-19.0007
13	1.6418	-0.0781	-0.6611	0.2481	0.2434	1.1566	0.0176	0.1279	-0.429	0.0795	-0.1025	-0.0557	0.0405	-0.1041	-0.0003	0.3078	-0.0174	-0.0399	0.242	0.0044	0.366	28.3154	8.0746	-19.263
14	1.5878	0.9311	-0.0947	0.9275	0.3296	0.29	0.0408	0.1901	-0.3947	-0.0039	0.0493	-0.0706	-0.0619	0.1908	-0.0058	0.277	0.0445	-0.0215	0.2812	0.0211	0.3177	37.7888	14.16	-21.2655
15	1.2211	0.0552	-0.6125	1.7733	-0.0299	2.1779	0.0464	-0.1245	-0.1039	0.129	-0.0606	0.1228	0.2918	-0.2786	-0.0001	0.2876	-0.055	-0.0128	0.3304	0.0581	0.3187	2.9005	-53.2161	46.3241
16	1.2151	0.4973	-0.6153	1.7802	-0.558	1.1176	0.1525	-0.1323	0.0106	0.0993	-0.0784	-0.0089	0.0017	0.0917	0.0007	0.2264	0.0125	0.0054	0.2829	0.0041	0.2675	16.844	-37.7736	37.7405
17	0.5748	0.5719	-0.2914	1.5268	-0.7527	1.3966	0.2377	-0.0613	0.2879	0.3667	0.062	0.2816	-0.231	-0.1595	0.0765	0.3283	0.0315	0.1447	0.3186	0.0038	0.414	9.5171	-23.5017	42.0215
18	0.6799	0.3249	-0.5853	0.9415	-0.3671	1.0434	0.0537	-0.0028	0.0417	-0.0102	0.0054	0.0163	-0.028	0.0986	-0.0008	0.2756	0.0448	0.0071	0.3001	0.0189	0.3316	17.4167	-34.7674	31.9395

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 25 THROUGH 116 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 117 THROUGH 202 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 203 THROUGH 276 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 277 THROUGH 317 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 318 THROUGH 349 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 350 THROUGH 385 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 53 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 54 THROUGH 106 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 107 THROUGH 183 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 184 THROUGH 270 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 271 THROUGH 317 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 318 THROUGH 349 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 350 THROUGH 385 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 135 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'C' AND (RESID 136 THROUGH 251 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID 252 THROUGH 334 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'C' AND (RESID 335 THROUGH 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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