PDB-5qct: Crystal structure of BACE complex with BMC001

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qct

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC001

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / response to insulin-like growth factor stimulus / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / swimming behavior / amyloid-beta metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qct.cif.gz	462.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qct.ent.gz	381.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/5qct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/5qct	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

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関連構造データ

類似構造データ	4lxm-2 3dv1-2 3ixj-3 3pi5-2 4d8c-1 3i25-2 4i0i-1 3nsh-1 5qd9-3 1ym2-2 5qcw-3 5qco-3 2f3f-3 3duy-1 5qdc-2 3duy-3 3dm6-1 5qcu-3 4k9h-3 5qcp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.246, 104.634, 100.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(CHAIN A AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 169 THROUGH 385))
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 169 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-E4Y / (2R,4S)-N-butyl-4-[(4S,6R)-16-ethoxy-12-ethyl-6-methyl-2,13-dioxo-3,12-diazabicyclo[12.3.1]octadeca-1(18),14,16-trien-4-yl]-4-hydroxy-2-methylbutanamide 分子量: 531.727 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₉N₃O₅
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS USING 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M NA CITRATE PH 5.6 AS PRECIPITANT. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH X 8.3MG/ML IN 10MM ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS USING 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M NA CITRATE PH 5.6 AS PRECIPITANT. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH X 8.3MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7. 25MM NACL, WITH A 4-FOLD EXCESS OF BMC001 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN DMSO (1.4% DMSO IN DROP). CRYO-PROTECTANT WAS 20% (V/V) 1,2-PROPANEDIOL, 80% RESERVOIR SOLUTION.

結晶

マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.6 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS USING 1.0M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M NA CITRATE PH 5.6 AS PRECIPITANT. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH X 8.3MG/ML IN 10MM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 96 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979141
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979141 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→44.179 Å / Num. obs: 103337 / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs: 0.055

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→44.18 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.197	10388	10.05 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.173	103337	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→44.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8911	0	119	344	9374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9269
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.921	12599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.972	5411
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1617

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5374	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5374	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5374	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0733	0.2475	359	0.1971	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0733-2.0977	0.2074	336	0.1889	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1233	0.2378	356	0.1801	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1233-2.1502	0.2121	323	0.18	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1502-2.1785	0.2187	366	0.1761	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1785-2.2083	0.2276	355	0.1796	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2083-2.2399	0.2209	340	0.1783	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2399-2.2733	0.2157	351	0.1791	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2733-2.3088	0.2121	368	0.1763	3054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3088-2.3467	0.2029	370	0.171	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3467-2.3871	0.1978	364	0.1777	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3871-2.4305	0.2282	338	0.1819	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4305-2.4773	0.2253	347	0.1853	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4773-2.5278	0.2037	353	0.1754	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5278-2.5828	0.2071	350	0.1692	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5828-2.6429	0.2132	347	0.1825	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6429-2.709	0.2289	338	0.188	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.709-2.7822	0.2304	328	0.1983	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7822-2.864	0.2389	338	0.1916	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-2.9565	0.2161	330	0.1983	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9565-3.0621	0.2281	332	0.1874	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0621-3.1847	0.2073	349	0.1861	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1847-3.3296	0.2306	321	0.1945	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3296-3.505	0.2115	339	0.1805	3123	X-RAY DIFFRACTION	100
3.505-3.7245	0.1875	320	0.173	3163	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7245-4.0119	0.1756	370	0.1514	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0119-4.4153	0.1677	313	0.139	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4153-5.0535	0.1546	379	0.1294	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0535-6.3638	0.1825	366	0.1628	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3638-44.1889	0.1842	342	0.1802	3173	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1431	0.0123	-0.1319	0.3384	-0.2467	0.2172	-0.2594	-0.0993	0.4067	0.2463	0.0946	-0.2298	-0.3295	0.115	-0.0008	0.5196	-0.056	-0.1002	0.3612	-0.0068	0.4056	43.8667	10.4952	24.6423
2	1.0305	-0.1276	0.1221	1.3539	-0.4156	0.5571	-0.1017	0.3986	0.3732	-0.1038	-0.0432	-0.1564	-0.2319	0.1229	-0.0003	0.4589	-0.0543	-0.012	0.4134	0.0908	0.3558	42.8167	11.0825	12.8802
3	0.9461	-0.1873	-0.1519	1.5711	-0.3538	0.736	-0.0586	0.1451	-0.0611	0.0796	0.1615	0.3664	-0.1465	-0.0315	0.0002	0.3537	0.0435	0.001	0.3305	0.0209	0.3425	25.5754	-6.8869	22.3059
4	0.5578	0.2702	0.1431	0.7092	-0.3324	0.5109	-0.0658	0.0484	0.0658	0.26	0.085	0.2129	-0.1659	-0.0341	0.0001	0.4334	0.0533	0.06	0.2947	0.0097	0.3275	25.8003	-4.4861	28.2306
5	0.238	-0.1578	0.1067	0.7587	-0.5305	0.3032	0.0781	0.0192	-0.1549	0.0891	0.0584	0.192	-0.0478	0.0073	0.0005	0.4015	-0.0005	0.0451	0.3713	-0.0393	0.3349	33.2497	-14.0328	24.8431
6	2.9455	0.8061	0.3697	1.0339	0.2688	1.3866	0.0803	-0.2441	-0.4377	0.1028	-0.0509	-0.0619	0.0092	-0.2816	0.0004	0.3085	-0.0006	-0.0225	0.3527	0.0712	0.3278	16.8886	14.185	-13.4117
7	0.7129	-0.2587	0.3195	0.4181	0.0474	0.6817	-0.0302	0.5556	-1.0613	-0.2251	0.0594	-0.5097	0.1399	0.0678	0.0586	0.3341	0.0217	0.0299	0.23	-0.1987	0.9817	33.791	-0.6966	-23.8845
8	1.064	0.4029	-0.0519	0.1526	0.0625	0.3631	0.0268	0.1416	-0.4749	0.0632	-0.0484	-0.1107	-0.0533	0.0548	-0.0003	0.3309	0.0066	-0.0233	0.3248	0.033	0.446	35.4949	15.477	-19.5866
9	0.7636	0.0618	-0.3794	1.2595	0.0523	1.5558	-0.0194	0.0101	-0.1883	0.1129	-0.0216	0.1247	0.2827	-0.2891	0	0.3599	-0.0248	0.0013	0.3774	0.0364	0.4203	4.0815	-52.4563	43.1255
10	0.9356	0.0048	-0.5327	1.0584	-0.6519	1.3489	0.2022	-0.1758	0.0677	0.3036	-0.0559	-0.1345	-0.259	0.0475	0.011	0.3527	0.0076	0.0235	0.3458	0.0077	0.3369	17.3135	-28.0774	42.6483
11	0.4519	0.5042	0.126	1.0199	-0.4878	0.7989	0.0365	-0.0841	0.1129	0.2442	0.0948	0.0153	-0.0559	-0.1661	0.0001	0.3318	0.0512	0.0342	0.4008	0.0282	0.3555	11.2353	-27.2778	39.5285
12	0.3738	0.3931	-0.3433	0.504	-0.1489	0.5987	-0.0123	0.1043	-0.0024	-0.0186	-0.0033	-0.0512	-0.0774	0.0649	-0.0002	0.3399	0.0547	-0.0031	0.3567	0.0423	0.4295	18.4869	-34.6996	31.2869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 33 THROUGH 168 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 169 THROUGH 271 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 272 THROUGH 346 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 347 THROUGH 385 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 334 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 335 THROUGH 385 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 183 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID 184 THROUGH 276 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 277 THROUGH 340 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 341 THROUGH 385 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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