PDB-5qbl: Crystal structure of Endothiapepsin-NAT17-347147 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qbl

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin-NAT17-347147 complex

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Rigid Body / 解像度: 1.619 Å

データ登録者

Huschmann, F.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Endothiapepsin
著者: Huschmann, F.U. / Weiss, M.S. / Mueller, U. / Haustedt, L.O. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description / _pdbx_deposit_group.group_title
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qbl.cif.gz	141.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qbl.ent.gz	109.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5qbl_validation.pdf.gz	951.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qbl_full_validation.pdf.gz	951.7 KB	表示
XML形式データ	5qbl_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	5qbl_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/5qbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/5qbl	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002039 (25エントリ) 5qb5 5qb6 5qb7 5qb8 5qb9 5qba 5qbb 5qbc 5qbd 5qbe
タイトル	Crystal structures of Endothiapepsin complexes
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Endothiapepsin complexes

-
関連構造データ

類似構造データ	5p8l-d 5r3l-d 5p36-d 5p2a-d 5ozs-d 5mb3-d 5p79-d 5rdv-d 5p8f-d 5r2w-d 5re2-d 5r35-d 1gvt-d 5p8d-d 5qbt-d 5r20-d 5rd2-d 5p6g-d 4yd6-d 5r1u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.479, 73.724, 53.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 338分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-D9D / (1S,2S,3S,4R,5R)-2-({[5-(hydroxymethyl)furan-2-yl]methyl}amino)-4-(morpholin-4-yl)-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octan-3-ol 分子量: 340.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄N₂O₆
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.62→42.674 Å / Num. obs: 41961 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 14.06 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_rim(I) all: 0.136 / Χ²: 0.986 / Net I/σ(I): 7.88 / Num. measured all: 158666

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.62-1.72	0.662	1.6	25226	6763	6715	0.569	0.771	99.3
1.72-1.84	0.465	2.42	23916	6399	6378	0.74	0.542	99.7
1.84-1.98	0.292	3.96	22418	5942	5927	0.9	0.34	99.7
1.98-2.17	0.191	6.22	20887	5465	5446	0.954	0.221	99.7
2.17-2.43	0.15	7.79	18381	4923	4913	0.97	0.175	99.8
2.43-2.8	0.114	10.36	16916	4390	4379	0.983	0.133	99.7
2.8-3.43	0.069	15.9	14023	3703	3695	0.993	0.081	99.8
3.43-4.83	0.049	22.66	10850	2905	2890	0.996	0.057	99.5
4.83-42.674	0.051	24.21	6049	1643	1618	0.995	0.06	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法: Rigid Body / 解像度: 1.619→42.674 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1973	2098	5 %
R_work	0.1621	39861	-
obs	0.164	41959	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.76 Å² / B_iso mean: 16.5867 Å² / B_iso min: 5.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.619→42.674 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2389	0	55	335	2779
B_iso mean	-	-	30.11	25.29	-
残基数	-	-	-	-	329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2602
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.02	3575
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	423
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	467
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.271	889

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6191-1.6568	0.3278	136	0.2608	2584	2720	98
1.6568-1.6982	0.255	140	0.2344	2660	2800	100
1.6982-1.7441	0.2632	139	0.2255	2644	2783	100
1.7441-1.7954	0.2735	139	0.2063	2649	2788	100
1.7954-1.8534	0.2543	140	0.2003	2662	2802	100
1.8534-1.9196	0.2227	140	0.1857	2652	2792	100
1.9196-1.9965	0.198	139	0.1612	2636	2775	100
1.9965-2.0873	0.2229	140	0.1617	2673	2813	100
2.0873-2.1974	0.1837	140	0.1508	2647	2787	100
2.1974-2.3351	0.2131	139	0.159	2659	2798	100
2.3351-2.5153	0.1867	141	0.1558	2675	2816	100
2.5153-2.7684	0.199	139	0.1613	2641	2780	100
2.7684-3.1689	0.1978	142	0.1617	2684	2826	100
3.1689-3.992	0.2012	140	0.1454	2673	2813	100
3.992-42.6886	0.1182	144	0.1249	2722	2866	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2639	0.0574	0.0831	0.4058	-0.0673	0.3565	0.0039	0.0116	0.0545	0.0734	0.0016	0.0351	0.0087	-0.0739	0.0006	0.1068	0.0058	0.0122	0.099	-0.007	0.0857	0.4835	-8.6092	14.5032
2	0.2971	0.1454	-0.0775	0.0768	0.0644	0.0551	0.0305	-0.0192	0.0097	-0.1444	-0.0879	0.1164	-0.03	-0.0594	-0.0303	0.229	0.057	-0.0295	0.134	-0.0385	0.118	2.756	-2.042	25.318
3	0.1537	0.0539	0.1309	0.3488	0.1745	0.5656	-0.0589	-0.0531	0.0174	0.0466	0.0136	0.015	-0.0598	-0.0319	-0.0511	0.1215	0.0168	-0.0159	0.0871	-0.0104	0.0886	5.7507	-2.3795	19.1806
4	0.1787	0.0558	-0.1189	0.3044	-0.37	0.1589	-0.0379	0.0193	-0.0144	-0.0572	0.0172	-0.0621	0.0233	0.0208	-0.0049	0.0822	0.008	-0.0063	0.1018	-0.0029	0.1045	14.7342	-4.0143	-0.3169
5	0.0859	-0.0062	-0.0247	0.0657	0.0226	0.0388	0.0166	0.0649	0.0544	0.1227	0.0547	-0.0229	-0.1604	-0.083	0.0056	0.1281	0.0025	0.0055	0.1139	0.0223	0.1448	10.353	12.1015	0.1372
6	0.2031	0.0362	0.05	0.0802	-0.0342	0.0305	-0.0035	0.0216	0.0698	-0.0079	-0.0225	-0.0444	0.0192	0.0122	0.0041	0.0833	-0.0006	0.0042	0.0806	0.0149	0.0918	0.8181	12.0746	-7.939
7	0.1014	0.05	0.0306	0.0497	-0.0231	0.0409	-0.0869	-0.0513	0.1153	-0.0085	0.0842	0.1302	-0.0999	0.0899	0.0007	0.1002	-0.0121	0.0186	0.1409	-0.0307	0.1134	-13.5637	9.2763	-8.0539
8	0.076	-0.2806	0.145	0.4225	-0.1534	0.3353	-0.0011	0.0122	0.0139	0.0201	-0.0215	-0.0601	-0.0157	-0.0007	-0.0083	0.0713	-0.0024	0.0041	0.0888	0.0005	0.0839	3.1267	4.7298	-4.2957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:62)	A	1 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 63:81)	A	63 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 82:151)	A	82 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 152:190)	A	152 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 191:204)	A	191 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 205:242)	A	205 - 242
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 243:258)	A	243 - 258
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 259:330)	A	259 - 330

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関連情報:EMDBヘッダ

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