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- PDB-5pa0: humanized rat COMT in complex with 3-hydroxy-1-methyl-5-phenylpyr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5pa0
タイトルhumanized rat COMT in complex with 3-hydroxy-1-methyl-5-phenylpyridin-2-one
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


response to olanzapine / response to risperidone / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / : / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process ...response to olanzapine / response to risperidone / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / : / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / dopamine secretion / : / catechol O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / renal sodium excretion / renal filtration / developmental process / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / catecholamine metabolic process / positive regulation of lactation / renal albumin absorption / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / response to salt / norepinephrine metabolic process / dopamine catabolic process / glomerulus development / response to angiotensin / synaptic transmission, dopaminergic / fear response / short-term memory / cellular response to phosphate starvation / estrogen metabolic process / cellular response to cocaine / cholesterol efflux / prostaglandin metabolic process / response to temperature stimulus / response to pain / glycogen metabolic process / response to food / response to corticosterone / negative regulation of dopamine metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / dopamine metabolic process / exploration behavior / response to stress / glial cell projection / multicellular organismal response to stress / behavioral fear response / response to cytokine / response to amphetamine / learning / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / kidney development / female pregnancy / visual learning / response to estrogen / response to wounding / regulation of blood pressure / cognition / multicellular organism growth / response to toxic substance / memory / cell body / response to oxidative stress / methylation / response to lipopolysaccharide / vesicle / gene expression / dendritic spine / learning or memory / response to hypoxia / postsynaptic membrane / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / : / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-methyl-3-oxidanyl-5-phenyl-pyridin-2-one / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Ehler, A. / Lerner, C. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a COMT complex
著者: Lerner, C. / Jakob-Roetne, R. / Groebke-Zbinden, K. / Buettelmann, B. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22021年11月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,30811
ポリマ－24,7101
非ポリマー1,59810
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.103, 53.259, 81.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase / Humanized rat COMT


分子量: 24710.332 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 44-264 / 変異: M134I, Y138C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 340分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-7JR / 1-methyl-3-oxidanyl-5-phenyl-pyridin-2-one / 3-hydroxy-1-methyl-5-phenylpyridin-2-one


分子量: 201.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID


分子量: 221.317 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, CHES, PH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 1.26→44.5 Å / Num. obs: 59332 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.45 % / Biso Wilson estimate: 10.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.082 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 11.86 / Num. measured all: 381283
反射 シェル解像度: 1.26→1.36 Å / 冗長度: 6.25 % / Rmerge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. measured obs: 4715 / Num. possible: 776 / Num. unique obs: 773 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.636 / Rejects: 0 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_764精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.26→42.612 Å / FOM work R set: 0.9165 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1604 2999 5.06 %random
Rwork0.1269 56255 --
obs0.1285 59254 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.976 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 60.79 Å2 / Biso mean: 15.01 Å2 / Biso min: 4.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.111 Å20 Å2-0 Å2
2--1.5733 Å2-0 Å2
3----1.6843 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.26→42.612 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1674 0 187 331 2192
Biso mean--22.98 30.81 -
残基数----213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4282636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.122774
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.26-1.28070.30041260.270126522778
1.2807-1.30270.27611470.250826422789
1.3027-1.32640.2561640.234126382802
1.3264-1.3520.21391290.206226442773
1.352-1.37960.26111410.196126372778
1.3796-1.40950.18571450.177926312776
1.4095-1.44230.19111580.152226432801
1.4423-1.47840.17141390.139426452784
1.4784-1.51840.17161730.125226352808
1.5184-1.56310.14891390.109726592798
1.5631-1.61350.15171260.105326922818
1.6135-1.67120.15281490.095226442793
1.6712-1.73810.13351400.095726732813
1.7381-1.81720.13581480.093226482796
1.8172-1.9130.14191440.093726782822
1.913-2.03290.12421380.097926972835
2.0329-2.18980.14431420.100926862828
2.1898-2.41020.13241540.100126962850
2.4102-2.75890.1461380.118327242862
2.7589-3.47570.16271200.121127912911
3.4757-42.63650.16081390.144229003039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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