- PDB-5p9w: rat catechol O-methyltransferase in complex with 4'-fluoro-4,5-di... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5p9w
タイトル
rat catechol O-methyltransferase in complex with 4'-fluoro-4,5-dihydroxy-N-{[(1R,2R)-2-{(2S,4R,5R)-4-hydroxy-5-[6-(methylamino)-9H-purin-9-yl]oxolan-2-yl}cyclopropyl]methyl}[1,1'-biphenyl]-3-carboxamide
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.43→45.15 Å / Num. obs: 41178 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.44 % / Biso Wilson estimate: 19.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 10.74
反射 シェル
解像度: 1.43→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.949 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / % possible all: 98.5
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
REFMAC
5.5.0088
精密化
XSCALE
データスケーリング
PDB_EXTRACT
3.22
データ抽出
XDS
データ削減
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: INHOUSE MODEL 解像度: 1.43→45.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.118 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: DIFFERENT ORIENTATION OF 3'-DEOXY RIBOSE COMPARED TO RIBOSE. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.191
1941
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.158
-
-
-
obs
0.159
36362
92.5 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK