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- PDB-5ov6: Bacillus megaterium porphobilinogen deaminase D82N mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ov6
タイトルBacillus megaterium porphobilinogen deaminase D82N mutant
要素Porphobilinogen deaminase
キーワードTRANSFERASE / Deaminase / mutant / domain movements / cofactor
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylbilane synthase / hydroxymethylbilane synthase activity / heme biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase / Porphobilinogen deaminase, N-terminal / Porphobilinogen deaminase, C-terminal / Porphobilinogen deaminase, dipyrromethane cofactor binding site / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain superfamily / Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase cofactor-binding site. / Double Stranded RNA Binding Domain ...Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase / Porphobilinogen deaminase, N-terminal / Porphobilinogen deaminase, C-terminal / Porphobilinogen deaminase, dipyrromethane cofactor binding site / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain superfamily / Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase cofactor-binding site. / Double Stranded RNA Binding Domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AWQ / Porphobilinogen deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Guo, J. / Erskine, P. / Coker, A.R. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structural studies of domain movement in active-site mutants of porphobilinogen deaminase from Bacillus megaterium.
著者: Guo, J. / Erskine, P. / Coker, A.R. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
履歴
登録2017年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Porphobilinogen deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5122
ポリマ－34,2871
非ポリマー2251
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.990, 62.690, 91.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Porphobilinogen deaminase / PBG / Hydroxymethylbilane synthase / HMBS / Pre-uroporphyrinogen synthase


分子量: 34286.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: hemC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GCA8, hydroxymethylbilane synthase
#2: 化合物 ChemComp-AWQ / 3-[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-2,5-dimethyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 225.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 % / 解説: Clusters of thin plates with a yellow colour
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.7
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 3.7, 25% PEG 4000
PH範囲: 3.5-4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→36.89 Å / Num. obs: 23650 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.87→1.92 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1679 / CC1/2: 0.788 / Rrim(I) all: 0.655 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
REFMAC7.0.044精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MLV

4mlv


解像度: 1.87→36.89 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1164 4.93 %
Rwork0.2102 --
obs0.2122 23589 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→36.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2249 0 16 147 2412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5153098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3791434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.95510.49941460.4422704X-RAY DIFFRACTION97
1.9551-2.05820.37081460.29532751X-RAY DIFFRACTION99
2.0582-2.18710.28361510.24972743X-RAY DIFFRACTION98
2.1871-2.3560.261350.2422758X-RAY DIFFRACTION98
2.356-2.5930.27521410.21422821X-RAY DIFFRACTION100
2.593-2.9680.28881450.21262824X-RAY DIFFRACTION100
2.968-3.73880.20741610.18482841X-RAY DIFFRACTION100
3.7388-35.55820.18461390.15862983X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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