PDB-5otg: Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5otg

タイトル

Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Criteculus Griseus in complex with compounds RKp013 and RKp190

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
cAMP-dependent protein kinase inhibitor

キーワード

TRANSFERASE / Complex / peptidic ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Criteculus Griseus in complex with compounds RKp013 and RKp190
著者: Mueller, J.M. / Kirschner, R. / Heine, A. / Geyer, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5otg.cif.gz	160.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5otg.ent.gz	124.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5otg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5otg_validation.pdf.gz	697.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5otg_full_validation.pdf.gz	699.4 KB	表示
XML形式データ	5otg_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	5otg_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/5otg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/5otg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6emb-d 5m6y-d 5m71-d 5lcq-d 5lct-d 5m6v-d 6i2a-d 4wih-d 6eh3-d 5ok3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

D: cAMP-dependent protein kinase inhibitor

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.381, 59.167, 74.223
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組織: Ovary / 遺伝子: PRKACA / 器官: Ovary 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase inhibitor 分子量: 1973.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PKI 5-22 由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: G3HK48*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-AO8 / [2-[[2-(isoquinolin-5-ylsulfonylamino)ethylamino]methyl]phenyl]boronic acid 分子量: 385.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀BN₃O₄S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Mes-Bis-Tris, 75 mM lithium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 0.7 mM peptidic ligand, 5 mM RKp190, 18 % v/v methanol/water in reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→22.826 Å / Num. obs: 50582 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.35 % / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 21.49
反射シェル	解像度: 1.73→1.83 Å / 冗長度: 4.19 % / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / Num. unique obs: 7917 / CC_1/2: 0.858 / R_sym value: 0.494 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→22.826 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.45

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2063	2527	5 %	Random selection
R_work	0.1861	-	-	-
obs	0.1871	50549	98.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→22.826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2906	0	24	174	3104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3034
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.787	4126
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.243	1778
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	549

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7267-1.7599	0.2931	128	0.2555	2436	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7599-1.7958	0.2482	141	0.2325	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7958-1.8349	0.2387	139	0.218	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8349-1.8775	0.2333	139	0.2095	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8775-1.9245	0.2499	141	0.2091	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9245-1.9765	0.2324	142	0.2088	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9765-2.0346	0.2278	140	0.196	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0346-2.1002	0.2442	142	0.1944	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1002-2.1752	0.2123	140	0.1892	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1752-2.2623	0.2195	140	0.1913	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2623-2.3651	0.2075	142	0.1912	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3651-2.4897	0.2282	140	0.2035	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4897-2.6454	0.2301	141	0.1998	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6454-2.8493	0.2143	141	0.2045	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8493-3.1354	0.2488	141	0.2021	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1354-3.5876	0.2109	141	0.1968	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5876-4.5143	0.1771	143	0.1531	2711	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5143-22.8277	0.1484	146	0.1584	2774	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7888	-0.2822	0.4535	0.1736	-0.1873	0.3288	-0.0818	0.508	0.2465	-0.4093	-0.1041	-0.1404	0.1623	0.3527	-0.0388	0.3721	0.042	0.0142	0.3197	-0.0971	0.2287	-6.9573	-14.2057	6.3312
2	0.9318	-0.1558	0.8686	0.7555	0.5785	1.726	-0.3521	-0.1746	-0.1019	-0.4406	0.2275	0.5486	0.2591	-0.7637	0.0185	0.7033	-0.0782	0.0754	0.1137	-0.0166	0.4604	-31.2717	-25.202	20.9102
3	0.0333	-0.0575	-0.0517	0.444	0.2589	0.7123	-0.1696	0.6048	-0.1959	0.1976	0.0276	0.2587	0.3615	-0.1032	-0.03	0.3319	-0.0309	0.0375	0.3547	0.0247	0.435	-31.7424	-23.8112	22.2041
4	0.4729	-0.3658	-0.5315	0.5132	-0.1611	0.9057	-0.0486	-0.0061	-0.1647	0.0495	0.0711	0.0798	0.2048	-0.0609	0	0.2076	-0.0205	0.0036	0.2008	0.0267	0.228	-20.9455	-12.2347	20.3687
5	0.8962	-0.03	-0.1922	0.4472	0.0707	1.4693	0.0237	0.0883	-0.0027	-0.018	0.0314	0.1047	-0.0354	-0.1126	-0	0.2051	0.0047	-0.0027	0.2195	0.0222	0.2082	-22.72	1.2758	16.7512
6	0.5037	0.2368	-0.2788	0.4469	0.2556	0.3739	0.0781	0.0442	0.2508	-0.1386	0.0413	-0.1595	-0.2818	0.1498	-0	0.2636	-0.023	0.0352	0.2536	0.0023	0.2164	-9.1943	8.8504	17.7738
7	0.0291	0.1992	-0.0476	1.246	-0.4481	1.2073	-0.0949	-0.1212	-0.0142	0.1385	0.0771	0.1837	0.2243	-0.1595	-0.0001	0.28	0.0104	0.0436	0.2448	-0.0223	0.2582	-23.3951	-16.8235	24.0454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 252 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 253 through 297 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 298 through 350 )

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新型コロナ情報

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