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- PDB-5osy: Human Decapping Scavenger enzyme (hDcpS) in complex with m7G(5'S)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5osy
タイトルHuman Decapping Scavenger enzyme (hDcpS) in complex with m7G(5'S)ppSp(5'S)G mRNA 5' cap analog
要素m7GpppX diphosphatase
キーワードHYDROLASE / Protein-ligand complex / decapping / DcpS / m7G(5'S)ppSp(5'S)G / phosphorothiolate / mRNA 5' cap analog / mRNA turnover
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA exonuclease activity / : / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay ...mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA exonuclease activity / : / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold / mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like ...mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold / mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AJQ / m7GpppX diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Warminski, M. / Nowak, E. / Wojtczak, B.A. / Fac-Dabrowska, K. / Kubacka, D. / Nowicka, A. / Sikorski, P.J. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher EducationDI2012 024842 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTEAM/2016-2/13 ポーランド
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: 5'-Phosphorothiolate Dinucleotide Cap Analogues: Reagents for Messenger RNA Modification and Potent Small-Molecular Inhibitors of Decapping Enzymes.
著者: Wojtczak, B.A. / Sikorski, P.J. / Fac-Dabrowska, K. / Nowicka, A. / Warminski, M. / Kubacka, D. / Nowak, E. / Nowotny, M. / Kowalska, J. / Jemielity, J.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: m7GpppX diphosphatase
B: m7GpppX diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9479
ポリマ－69,7832
非ポリマー2,1647
水8,413467
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9910 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.904, 84.549, 126.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 m7GpppX diphosphatase / DCS-1 / Decapping scavenger enzyme / Hint-related 7meGMP-directed hydrolase / Histidine triad ...DCS-1 / Decapping scavenger enzyme / Hint-related 7meGMP-directed hydrolase / Histidine triad nucleotide-binding protein 5 / Histidine triad protein member 5 / HINT-5 / Scavenger mRNA-decapping enzyme DcpS


分子量: 34891.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 38-337 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCPS, DCS1, HINT5, HSPC015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96C86, 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-AJQ / [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl-[[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl-oxidanyl-phosphoryl]oxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-phosphinic acid


分子量: 851.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O15P3S3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 31% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 38937 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.37 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 9.84
反射 シェル解像度: 2.08→2.16 Å / 冗長度: 4.46 % / Rmerge(I) obs: 0.764 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 6135 / CC1/2: 0.654 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BL9

3bl9


解像度: 2.06→47.787 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 1947 5 %
Rwork0.1781 --
obs0.1806 38931 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→47.787 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4787 0 103 467 5357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6686939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3483046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004882
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0586-2.11010.33011350.25482569X-RAY DIFFRACTION98
2.1101-2.16720.26561370.21782599X-RAY DIFFRACTION99
2.1672-2.23090.28831370.21012604X-RAY DIFFRACTION99
2.2309-2.30290.25521370.20372604X-RAY DIFFRACTION100
2.3029-2.38520.26021370.19792608X-RAY DIFFRACTION99
2.3852-2.48070.24661380.19262613X-RAY DIFFRACTION100
2.4807-2.59360.25651370.19062612X-RAY DIFFRACTION100
2.5936-2.73040.26971380.18762619X-RAY DIFFRACTION99
2.7304-2.90140.23491390.18252651X-RAY DIFFRACTION100
2.9014-3.12540.22361400.17392643X-RAY DIFFRACTION100
3.1254-3.43980.2311390.15972657X-RAY DIFFRACTION100
3.4398-3.93740.19251410.14722677X-RAY DIFFRACTION100
3.9374-4.95990.17811430.14392713X-RAY DIFFRACTION100
4.9599-47.7870.20591490.19492815X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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