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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5os8 | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of CK2alpha in complex with compound 11 | |||||||||
![]() | Casein kinase II subunit alpha | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / CK2alpha / CK2a / fragment based drug discovery / high concentration screening / selective ATP competitive inhibitors / surface entrophy reduction | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Maturation of hRSV A proteins / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Brear, P. / De Fusco, C. / Iegre, J. / Yoshida, M. / Mitchell, S. / Rossmann, M. / Carro, L. / Sore, H. / Hyvonen, M. / Spring, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Second-generation CK2 alpha inhibitors targeting the alpha D pocket. 著者: Iegre, J. / Brear, P. / De Fusco, C. / Yoshida, M. / Mitchell, S.L. / Rossmann, M. / Carro, L. / Sore, H.F. / Hyvonen, M. / Spring, D.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5oquC ![]() 5orhC ![]() 5orjC ![]() 5orkC ![]() 5os7C ![]() 5oslC ![]() 5ospC ![]() 5osrC ![]() 5osuC ![]() 5oszC ![]() 5ot5C ![]() 5ot6C ![]() 5otdC ![]() 5othC ![]() 5otiC ![]() 5otlC ![]() 5otoC ![]() 5otpC ![]() 5otqC ![]() 5otrC ![]() 5otsC ![]() 5otyC ![]() 5otzC ![]() 5oueC ![]() 5oulC ![]() 5oumC ![]() 5ouuC ![]() 5oyfC ![]() 6ehkC ![]() 6ehuC ![]() 6eiiC ![]() 5cvhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39031.391 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-329 / 変異: R21S, K74A, K75A, K76A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 5種, 251分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/J27.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/J27.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ATP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 112.5mM Mes pH 6.5, 35% glycerol ethoxylate, 180 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→46.22 Å / Num. obs: 45884 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.52 % / Biso Wilson estimate: 16.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 15.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5CVH 解像度: 1.55→36.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9571 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9451 / SU R Cruickshank DPI: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.085 / SU Rfree Blow DPI: 0.082 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.081
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原子変位パラメータ | Biso max: 150.32 Å2 / Biso mean: 20.77 Å2 / Biso min: 5.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.165 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→36.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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