ChemComp-5MD: 2'-deoxy-1-methyl-pseudouridine

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: 5MD
• 名称: 名称: 2'-deoxy-1-methyl-pseudouridine / 別称: 5-METHYL-2'-DEOXYPSEUDOURIDINE; 日化辞名称: 5-(2-デオキシ-β-D-リボフラノシル)-1-メチルウラシル

Chemical information

組成

組成式: C₁₀H₁₄N₂O₅ / 原子数: 31 / 化学式量: 242.229 / 形式電荷: 0

その他

1f8y

タイプ: DNA LINKING / PDB分類: HETAIN / 1文字コード: N / 3文字コード: 5MD / モデル座標のPDB-ID: 1F8Y

履歴

作成	2000年7月26日
記述子を修正	2011年6月4日
Modify name	2018年1月16日
Modify synonyms	2020年6月5日

• 外部リンク: UniChem / ChemSpider / DrugBank / 日化辞 / PubChem / PubChem_TPharma / SureChEMBL / Wikipedia search / Google search

詳細

SMILES

• ACDLabs 10.04: O=C1N(C=C(C(=O)N1)C2OC(CO)C(O)C2)C
• CACTVS 3.341: CN1C=C([CH]2C[CH](O)[CH](CO)O2)C(=O)NC1=O
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: CN1C=C(C(=O)NC1=O)C2CC(C(O2)CO)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.341: CN1C=C([C@H]2C[C@H](O)[C@@H](CO)O2)C(=O)NC1=O
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: CN1C=C(C(=O)NC1=O)[C@H]2C[C@@H]([C@H](O2)CO)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C10H14N2O5/c1-12-3-5(9(15)11-10(12)16)7-2-6(14)8(4-13)17-7/h3,6-8,13-14H,2,4H2,1H3,(H,11,15,16)/t6-,7+,8+/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: AMDJRICBYOAHBZ-XLPZGREQSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 10.04: (1R)-1,4-anhydro-2-deoxy-1-(1-methyl-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)-D-erythro-pentitol
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: 5-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-1-methyl-pyrimidine-2,4-dione

PDBエントリ

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PDB-1f8y:
CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF NUCLEOSIDE 2-DEOXYRIBOSYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH 5-METHYL-2'-DEOXYPSEUDOURIDINE