PDB-5lwr: Endothiapepsin in complex with a derivative of fragment 177

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lwr

タイトル

Endothiapepsin in complex with a derivative of fragment 177

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease / inhibition / reactivity

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.249 Å

データ登録者

Ehrmann, F.R. / Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: A False-Positive Screening Hit in Fragment-Based Lead Discovery: Watch out for the Red Herring.
著者: Cramer, J. / Schiebel, J. / Wulsdorf, T. / Grohe, K. / Najbauer, E.E. / Ehrmann, F.R. / Radeva, N. / Zitzer, N. / Linne, U. / Linser, R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lwr.cif.gz	205.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lwr.ent.gz	166 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lwr_validation.pdf.gz	821 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lwr_full_validation.pdf.gz	821 KB	表示
XML形式データ	5lwr_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	5lwr_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lwsC 5lwtC 5lwuC 4y5lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p3c-d 5r2j-d 5qbh-d 5p2r-d 5r3i-d 5p5f-d 5p7k-d 5r3t-d 5p8v-d 5oyv-d 4fkq-d 5j25-d 5qbn-d 5r41-d 4y50-d 5r3a-d 5r2p-d 5r32-d 4y3z-d 5r2k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.207, 72.794, 52.616
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 339分子

#2: 化合物	ChemComp-7B2 / 4-[12-[(1-chloranyl-5,6,7-trimethyl-pyrrolo[3,4-d]pyridazin-3-ium-3-yl)methyl]-10,11-dimethyl-3,4,6,7,11-pentazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-1(12),2,4,7,9-pentaen-5-yl]-1,2,5-trimethyl-pyrrole-3-carbaldehyde 分子量: 531.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉ClN₉O
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→42.683 Å / Num. obs: 87290 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.996 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 20.72
反射シェル	解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 3.031 % / R_merge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y5L

4y5l

解像度: 1.249→28.118 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1313	4363	5 %	5% random selection
R_work	0.1129	-	-	-
obs	0.1138	87266	98.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.249→28.118 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2372	0	82	329	2783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2676
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.916	3693
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.1	903
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	422
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	525

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2492-1.2634	0.2235	116	0.2003	2208	X-RAY DIFFRACTION	79
1.2634-1.2783	0.2098	127	0.1879	2411	X-RAY DIFFRACTION	86
1.2783-1.2939	0.2417	133	0.1886	2517	X-RAY DIFFRACTION	90
1.2939-1.3103	0.1942	140	0.1731	2660	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3103-1.3275	0.1642	149	0.1357	2845	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3275-1.3457	0.1554	147	0.1262	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3457-1.3649	0.1464	148	0.1229	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3649-1.3853	0.1328	147	0.1174	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3853-1.4069	0.1479	148	0.1056	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4069-1.43	0.1361	147	0.1051	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.4547	0.1334	148	0.1049	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4547-1.4811	0.1415	147	0.1024	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4811-1.5096	0.1241	149	0.0952	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5096-1.5404	0.1358	147	0.1013	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5404-1.5739	0.1091	148	0.0859	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5739-1.6105	0.106	148	0.0805	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6105-1.6508	0.124	147	0.085	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6508-1.6954	0.1113	149	0.082	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6954-1.7453	0.1083	148	0.0862	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7453-1.8016	0.0993	147	0.0881	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8016-1.866	0.1269	148	0.0882	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
1.866-1.9407	0.137	147	0.0963	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9407-2.029	0.101	149	0.09	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.029-2.1359	0.0983	148	0.0903	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1359-2.2697	0.1316	148	0.0993	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2697-2.4449	0.1237	149	0.1034	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4449-2.6907	0.1277	149	0.1122	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6907-3.0796	0.1258	149	0.1181	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0796-3.8784	0.1362	149	0.1278	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8784-28.125	0.1477	147	0.1534	2800	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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