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万見
- PDB-5lgt: Thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamides as Novel Reversible Inhibitor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lgt
タイトルThieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamides as Novel Reversible Inhibitors of Histone Lysine Demethylase KDM1A/LSD1: Compound 15
要素
  • Lysine-specific histone demethylase 1A
  • REST corepressor 1
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / : / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development ...positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / : / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation / positive regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding / DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase complex / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / cellular response to cAMP / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / transcription repressor complex / erythrocyte differentiation / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of protein ubiquitination / negative regulation of protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / transcription corepressor activity / cellular response to UV / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / chromatin organization / regulation of protein localization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone lysine-specific demethylase / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone lysine-specific demethylase / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / SANT domain profile. / SANT domain / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6W3 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Lysine-specific histone demethylase 1A / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mattevi, A. / Ciossani, G.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
AIRCIG15208 イタリア
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamides as New Reversible Inhibitors of Histone Lysine Demethylase KDM1A/LSD1. Part 2: Structure-Based Drug Design and Structure-Activity Relationship.
著者: Vianello, P. / Sartori, L. / Amigoni, F. / Cappa, A. / Faga, G. / Fattori, R. / Legnaghi, E. / Ciossani, G. / Mattevi, A. / Meroni, G. / Moretti, L. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / ...著者: Vianello, P. / Sartori, L. / Amigoni, F. / Cappa, A. / Faga, G. / Fattori, R. / Legnaghi, E. / Ciossani, G. / Mattevi, A. / Meroni, G. / Moretti, L. / Cecatiello, V. / Pasqualato, S. / Romussi, A. / Thaler, F. / Trifiro, P. / Villa, M. / Botrugno, O.A. / Dessanti, P. / Minucci, S. / Vultaggio, S. / Zagarri, E. / Varasi, M. / Mercurio, C.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7854
ポリマ－101,5242
非ポリマー1,2612
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6720 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area37420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.070, 178.690, 235.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2


分子量: 81279.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 REST corepressor 1 / Protein CoREST


分子量: 20244.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCOR1, KIAA0071, RCOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKL0
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-6W3 / 4-methyl-~{N}-[2-[[4-(1-methylpiperidin-4-yl)oxyphenoxy]methyl]phenyl]thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamide


分子量: 475.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29N3O3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Hanging-drop vapor diffusion method at 20 C by mixing equal volumes of 100 microM LSD1-CoREST solution in 5% (w/v) glycerol, 25 mm potassium phosphate, pH 7.2, with reservoir solutions ...詳細: Hanging-drop vapor diffusion method at 20 C by mixing equal volumes of 100 microM LSD1-CoREST solution in 5% (w/v) glycerol, 25 mm potassium phosphate, pH 7.2, with reservoir solutions containing 1.2 M sodium/potassium tartrate and 100 mmN-(2-acetamido)-2-iminodiacetic acid, pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→57.75 Å / Num. obs: 50761 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.382 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2V1D

2v1d


解像度: 3→57.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 15.986 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.253 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2296 967 1.9 %RANDOM
Rwork0.21168 ---
obs0.21204 48697 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 85.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.32 Å2-0 Å20 Å2
2---4.16 Å20 Å2
3----4.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→57.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6290 0 87 0 6377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.988841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8223.00214486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.075797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.28424.456294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.581151129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8651542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.478.3053194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4688.3043193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.14912.4573989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.14912.4583990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3218.8253321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.328.8253322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.12613.0114853
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.21567.0467829
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.21467.0477830
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 67 -
Rwork0.368 3162 -
obs--86.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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