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- PDB-5l6p: EphB3 kinase domain covalently bound to an irreversible inhibitor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l6p
タイトルEphB3 kinase domain covalently bound to an irreversible inhibitor (compound 6)
要素Ephrin type-B receptor 3
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Irreversible Inhibitor / Quinazoline / Signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


urogenital system development / axon guidance receptor activity / central nervous system projection neuron axonogenesis / transmembrane-ephrin receptor activity / dendritic spine development / corpus callosum development / ephrin receptor activity / dendritic spine morphogenesis / axonal fasciculation / positive regulation of synapse assembly ...urogenital system development / axon guidance receptor activity / central nervous system projection neuron axonogenesis / transmembrane-ephrin receptor activity / dendritic spine development / corpus callosum development / ephrin receptor activity / dendritic spine morphogenesis / axonal fasciculation / positive regulation of synapse assembly / EPH-Ephrin signaling / Ephrin signaling / digestive tract morphogenesis / regulation of GTPase activity / regulation of axonogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / roof of mouth development / regulation of cell-cell adhesion / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / EPHB-mediated forward signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / thymus development / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / cell migration / angiogenesis / protein autophosphorylation / dendrite / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-B receptor 3, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain ...Ephrin type-B receptor 3, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-(4-phenylazanylquinazolin-7-yl)ethanamide / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Ephrin type-B receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Schimpl, M. / Overman, R. / Kung, A. / Chen, Y.-C. / Ni, F. / Zhu, J. / Turner, M. / Molina, H. / Zhang, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science FoundationCHE-1455306 米国
American Cancer SocietyIRG-58-007-51 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Development of Specific, Irreversible Inhibitors for a Receptor Tyrosine Kinase EphB3.
著者: Kung, A. / Chen, Y.C. / Schimpl, M. / Ni, F. / Zhu, J. / Turner, M. / Molina, H. / Overman, R. / Zhang, C.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin type-B receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1323
ポリマ－33,7661
非ポリマー3662
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.240, 56.950, 126.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ephrin type-B receptor 3 / EPH-like tyrosine kinase 2 / EPH-like kinase 2 / Embryonic kinase 2 / hEK2 / Tyrosine-protein kinase TYRO6


分子量: 33765.711 Da / 分子数: 1 / 変異: A899P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHB3, ETK2, HEK2, TYRO6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54753, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-6P8 / ~{N}-(4-phenylazanylquinazolin-7-yl)ethanamide


分子量: 278.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14N4O
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 % / 解説: plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1,4-dioxane, Tris buffer, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→37.87 Å / Num. obs: 15994 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 38.99 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 93600 / Scaling rejects: 20
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.26-2.3840.34175.7
7.14-37.875.50.059198.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZFY

3zfy


解像度: 2.26→37.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.275 / SU Rfree Blow DPI: 0.2 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.198
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 774 4.86 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.206 15939 95.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 166.51 Å2 / Biso mean: 55.84 Å2 / Biso min: 17.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.9809 Å20 Å20 Å2
2--8.2602 Å20 Å2
3----17.2411 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→37.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2122 0 27 77 2226
Biso mean--61.98 42.04 -
残基数----274
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d757SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes322HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2223HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion286SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2535SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2223HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3036HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.69
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.42 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 105 4.57 %
Rwork0.21 2194 -
all-2299 -
obs--78.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.4196 Å / Origin y: -7.2007 Å / Origin z: -19.3001 Å
111213212223313233
T-0.1251 Å20.0457 Å2-0.0855 Å2--0.1988 Å2-0.0588 Å2---0.0698 Å2
L2.387 °2-1.0621 °2-0.1805 °2-3.2786 °20.1626 °2--0.6879 °2
S-0.2322 Å °-0.4626 Å °0.2022 Å °0.6909 Å °0.233 Å °-0.2457 Å °0.0402 Å °0.0921 Å °-0.0008 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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