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- PDB-5ktw: CREBBP bromodomain in complex with Cpd 44 (3-((5-acetyl-1-(cyclop... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ktw | ||||||
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Title | CREBBP bromodomain in complex with Cpd 44 (3-((5-acetyl-1-(cyclopropylmethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-3-yl)amino)-N-isopropylbenzamide) | ||||||
![]() | CREB-binding protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CREBBP bromodomain | ||||||
Function / homology | ![]() peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / regulation of smoothened signaling pathway / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity ...peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / regulation of smoothened signaling pathway / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / embryonic digit morphogenesis / homeostatic process / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / non-canonical NF-kappaB signal transduction / Zygotic genome activation (ZGA) / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / cellular response to nutrient levels / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / acetyltransferase activity / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / histone acetyltransferase complex / Attenuation phase / regulation of cellular response to heat / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / RORA activates gene expression / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / CD209 (DC-SIGN) signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Heme signaling / protein destabilization / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Evasion by RSV of host interferon responses / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / chromatin DNA binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / cellular response to UV / rhythmic process / Circadian Clock / p53 binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / HATs acetylate histones / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / nuclear body / response to hypoxia / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Murray, J.M. / Boenig, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Discovery of a Potent and Selective in Vivo Probe (GNE-272) for the Bromodomains of CBP/EP300. Authors: Crawford, T.D. / Romero, F.A. / Lai, K.W. / Tsui, V. / Taylor, A.M. / de Leon Boenig, G. / Noland, C.L. / Murray, J. / Ly, J. / Choo, E.F. / Hunsaker, T.L. / Chan, E.W. / Merchant, M. / ...Authors: Crawford, T.D. / Romero, F.A. / Lai, K.W. / Tsui, V. / Taylor, A.M. / de Leon Boenig, G. / Noland, C.L. / Murray, J. / Ly, J. / Choo, E.F. / Hunsaker, T.L. / Chan, E.W. / Merchant, M. / Kharbanda, S. / Gascoigne, K.E. / Kaufman, S. / Beresini, M.H. / Liao, J. / Liu, W. / Chen, K.X. / Chen, Z. / Conery, A.R. / Cote, A. / Jayaram, H. / Jiang, Y. / Kiefer, J.R. / Kleinheinz, T. / Li, Y. / Maher, J. / Pardo, E. / Poy, F. / Spillane, K.L. / Wang, F. / Wang, J. / Wei, X. / Xu, Z. / Xu, Z. / Yen, I. / Zawadzke, L. / Zhu, X. / Bellon, S. / Cummings, R. / Cochran, A.G. / Albrecht, B.K. / Magnuson, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13545.468 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: bromodomain (UNP residues 1085-1196) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 5% v/v ethylene glycol, 23% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Sep 26, 2013 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.973 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.087→44.395 Å / Num. obs: 137643 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 486509 | |||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.23 Å2 / Biso mean: 15.0416 Å2 / Biso min: 3.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.087→36.489 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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