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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jnl | |||||||||
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タイトル | Structure of Plasmodium falciparum DXR in complex with a beta-substituted fosmidomycin analogue, LC54 and manganese | |||||||||
要素 | 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, apicoplastic | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ENZYME-INHIBITOR COMPLEX / MEP PATHWAY / ISOPRENOID BIOSYNTHESIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / apicoplast / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / NADPH binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Sooriyaarachchi, S. / Bergfors, T. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2016 タイトル: Targeting an Aromatic Hotspot in Plasmodium falciparum 1-Deoxy-d-xylulose-5-phosphate Reductoisomerase with beta-Arylpropyl Analogues of Fosmidomycin. 著者: Sooriyaarachchi, S. / Chofor, R. / Risseeuw, M.D. / Bergfors, T. / Pouyez, J. / Dowd, C.S. / Maes, L. / Wouters, J. / Jones, T.A. / Van Calenbergh, S. / Mowbray, S.L. #1: ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2015 タイトル: Synthesis and bioactivity of beta-substituted fosmidomycin analogues targeting 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase. 著者: Chofor, R. / Sooriyaarachchi, S. / Risseeuw, M.D. / Bergfors, T. / Pouyez, J. / Johny, C. / Haymond, A. / Everaert, A. / Dowd, C.S. / Maes, L. / Coenye, T. / Alex, A. / Couch, R.D. / Jones, T. ...著者: Chofor, R. / Sooriyaarachchi, S. / Risseeuw, M.D. / Bergfors, T. / Pouyez, J. / Johny, C. / Haymond, A. / Everaert, A. / Dowd, C.S. / Maes, L. / Coenye, T. / Alex, A. / Couch, R.D. / Jones, T.A. / Wouters, J. / Mowbray, S.L. / Van Calenbergh, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jnl.cif.gz | 192.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jnl.ent.gz | 149.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jnl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jnl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48164.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 75-488 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 遺伝子: DXR, PF14_0641 / 器官: APICOPLAST / プラスミド: PEXP-5-CT/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 参照: UniProt: Q8IKG4, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase |
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-非ポリマー , 5種, 525分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: LC54 - E11 10% PEG 4000, 20% glycerol 0.1M bicine Trizma pH 8.5 0.03M of each ethylene glycol (0.3M diethyleneglycol, 0.3M triethyleneglycol, 0.3M tetraethyleneglycol, 0.3M pentaethyleneglycol) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97239 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→48.55 Å / Num. obs: 109929 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 92.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5JAZ (LC51) 解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.046 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.242 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→30 Å
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拘束条件 |
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