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- PDB-5jn2: Crystal structure of TgCDPK1 bound to NVPACU106 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jn2
タイトルCrystal structure of TgCDPK1 bound to NVPACU106
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードHYDROLASE / Kinase / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6LO / Calmodulin-domain protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者El Bakkouri, M. / Walker, J.R. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Lovato, D.V. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TgCDPK1 bound to NVPACU106
著者: El Bakkouri, M. / Walker, J.R. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Lovato, D.V. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2016年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0774
ポリマ－59,5331
非ポリマー5443
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.142, 72.473, 65.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1


分子量: 59533.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CDPK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BJF5
#2: 化合物 ChemComp-6LO / N-[(3-{4-amino-5-[3-(benzyloxy)phenyl]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}cyclobutyl)methyl]acetamide


分子量: 441.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27N5O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Hepes pH7.5, 15 % Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 22622 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 57.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 1.436 / Net I/av σ(I): 38.653 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 95997
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.244.20.6981100
2.24-2.284.20.6481100
2.28-2.324.30.5021100
2.32-2.374.20.4051100
2.37-2.424.20.3281100
2.42-2.484.30.2991100
2.48-2.544.20.2371100
2.54-2.614.30.2151100
2.61-2.694.20.1671100
2.69-2.774.30.1381100
2.77-2.874.30.1131100
2.87-2.994.30.0941100
2.99-3.124.30.0741100
3.12-3.294.30.0541100
3.29-3.494.30.0411100
3.49-3.764.30.038199.9
3.76-4.144.30.047199.9
4.14-4.744.20.037199.9
4.74-5.974.20.0271100
5.97-504.10.024197.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
BUSTER2.10.2精密化
HKL-3000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IH8

4ih8


解像度: 2.2→48.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9296 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.308 / SU Rfree Blow DPI: 0.225
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2691 1096 4.86 %RANDOM
Rwork0.2328 ---
obs0.2347 22558 99.87 %-
原子変位パラメータBiso max: 172.07 Å2 / Biso mean: 73.72 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.827 Å20 Å25.6859 Å2
2--2.4692 Å20 Å2
3----8.2962 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.342 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3400 0 36 50 3486
Biso mean--98.08 61.34 -
残基数----450
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1460SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1023HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6672HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion473SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6912SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6672HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11993HARMONIC2.20.8
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.24
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.31 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 134 4.49 %
Rwork0.2425 2852 -
all0.2435 2986 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7353-1.1234-0.57424.65240.75172.5838-0.0432-0.02670.23340.02110.0197-0.0794-0.19550.06380.0235-0.020.0042-0.0898-0.1080.06670.0265-8.8619-16.1177104.5945
21.3753-0.01310.60512.8517-1.83194.07030.0880.0564-0.0308-0.1359-0.3117-0.31830.49030.34760.2237-0.11850.04560.0456-0.12990.0281-0.0007-14.2001-17.052189.6661
31.61350.1730.80561.8492-0.04272.2492-0.05370.4142-0.1007-0.4099-0.10070.03110.36610.28540.1544-0.08280.06930.0678-0.0390.018-0.1091-12.5604-8.498675.0084
42.9069-2.48020.15474.9506-2.5872.43150.04860.0368-0.13920.0519-0.1258-0.0101-0.05080.09870.07710.2040.0819-0.1148-0.19440.0354-0.08175.1608-1.9688115.8501
57.3911-2.3698-3.00353.59042.1677.10660.04840.13160.38610.04130.2921-0.025-0.3122-0.2657-0.3406-0.19160.0620.016-0.07370.1038-0.04427.45165.710685.2893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|43 - 89}A43 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2{A|90 - 213}A90 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3{A|214 - 354}A214 - 354
4X-RAY DIFFRACTION4{A|355 - 439}A355 - 439
5X-RAY DIFFRACTION5{A|440 - 507}A440 - 507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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