PDB-5jhu: Potent, Reversible MetAP2 Inhibitors via FBDD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jhu

タイトル

Potent, Reversible MetAP2 Inhibitors via FBDD

要素

Methionine aminopeptidase 2

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Hydrolase / peptidase / metal ion binding / proteolysis / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dougan, D.R.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of potent, reversible MetAP2 inhibitors via fragment based drug discovery and structure based drug design-Part 1.
著者: Cheruvallath, Z. / Tang, M. / McBride, C. / Komandla, M. / Miura, J. / Ton-Nu, T. / Erikson, P. / Feng, J. / Farrell, P. / Lawson, J.D. / Vanderpool, D. / Wu, Y. / Dougan, D.R. / Plonowski, A. ...

履歴

登録	2016年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jhu.cif.gz	172 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jhu.ent.gz	141.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jhu_validation.pdf.gz	806.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jhu_full_validation.pdf.gz	807.1 KB	表示
XML形式データ	5jhu_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	5jhu_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/5jhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/5jhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ji6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7a14-d 1r5h-d 1r5g-d 2ea2-d 7a16-d 5ji6-d 5lyx-d 5jfr-d 5d6e-d 6htt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methionine aminopeptidase 2

ヘテロ分子

42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.181, 100.964, 100.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-913- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Methionine aminopeptidase 2 / MetAP 2 / Initiation factor 2-associated 67 kDa glycoprotein / p67eIF2 / Peptidase M 分子量: 41355.977 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 87-455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP2, MNPEP, P67EIF2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P50579, methionyl aminopeptidase

#1: タンパク質

Methionine aminopeptidase 2 / MetAP 2 / Initiation factor 2-associated 67 kDa glycoprotein / p67eIF2 / Peptidase M

分子量: 41355.977 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 87-455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP2, MNPEP, P67EIF2
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P50579, methionyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 5種, 318分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-6KO / [(2R)-1-([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)pyrrolidin-2-yl]methyl 2-methoxybenzoate 分子量: 353.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉N₅O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 30% MPD, 0.05M MES pH 5.9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9765 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 47975 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 1.012 / Net I/av σ(I): 26.344 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 314819

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.73	3.6	0.333	1	66.3
1.73-1.76	3.9	0.318	1	74.8
1.76-1.79	4.3	0.288	1	82.6
1.79-1.83	4.8	0.288	1	90.2
1.83-1.87	5.4	0.269	1	95.8
1.87-1.91	6.5	0.229	1	99.8
1.91-1.96	7.3	0.188	1	100
1.96-2.02	7.4	0.147	1	100
2.02-2.07	7.4	0.123	1	100
2.07-2.14	7.4	0.105	1	100
2.14-2.22	7.4	0.09	1	100
2.22-2.31	7.4	0.082	1	100
2.31-2.41	7.4	0.072	1	100
2.41-2.54	7.3	0.066	1	100
2.54-2.7	7.3	0.06	1	100
2.7-2.91	7.3	0.055	1	100
2.91-3.2	7.2	0.055	1	100
3.2-3.66	6.7	0.055	1	99.9
3.66-4.61	6.5	0.051	1	99.9
4.61-50	6.6	0.043	1	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0025	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XFIT		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 4.218 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.095
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1809	2148	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1381	-	-	-
obs	0.1402	40033	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.77 Å² / B_iso mean: 31.468 Å² / B_iso min: 15.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2848	0	42	313	3203
B_iso mean	-	-	36.82	41.26	-
残基数	-	-	-	-	362

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.234	1.973	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.602	5	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.713	24.275	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.692	15	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.879	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.647	3	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	23.995	5	111
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	11.098	5	3132

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	145	-
R_work	0.18	2648	-
all	-	2793	-
obs	-	-	90.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1293	1.4182	-0.261	1.3164	-0.1287	0.955	0.0203	-0.0284	-0.191	-0.4668	-0.0715	-0.0204	0.3027	0.34	0.0512	0.4354	0.1345	-0.0284	0.1668	-0.0139	0.0317	-14.0909	-33.3113	-2.7673
2	1.0968	0.7088	0.4409	0.7532	0.2647	0.2055	0.0529	-0.026	-0.0268	-0.1803	-0.0084	0.032	0.0538	0.0327	-0.0445	0.1801	0.0028	-0.0748	0.0979	-0.0066	0.0875	-28.8137	-36.9444	3.4004
3	0.1338	0.0195	0.2362	0.6488	-0.2301	0.563	0.0287	0.0032	0.0195	-0.0247	-0.028	-0.014	0.0221	0.0312	-0.0007	0.0817	-0.0049	0.0095	0.1225	0.0053	0.1111	-12.4267	-20.5311	14.6969
4	0.0623	0.0565	0.186	0.5041	0.0334	0.6058	0.0391	-0.0108	0.0035	0.0119	-0.0031	0.0869	0.1043	-0.0392	-0.036	0.0869	-0.0325	-0.005	0.119	0.0211	0.1246	-25.6091	-34.8106	20.7677
5	0.0468	0.0369	0.1403	0.5647	-0.178	0.6459	0.0248	-0.0024	0.0225	0.1219	-0.0131	0.2332	-0.0227	-0.0353	-0.0117	0.067	-0.0284	0.0154	0.1356	0.0272	0.1377	-29.411	-29.1239	21.1808
6	0.003	-0.0074	0.0101	1.3173	-0.9758	0.9739	-0.0043	-0.0181	-0.0012	0.1535	0.0625	0.2692	-0.1228	-0.0687	-0.0582	0.0825	0.02	0.0313	0.1129	0.0069	0.1651	-27.3472	-9.773	17.6466
7	0.0597	-0.1799	-0.0501	1.1842	-0.3494	0.498	0.0007	-0.0089	-0.0146	-0.0082	0.0236	0.0103	-0.0577	-0.0208	-0.0242	0.0962	0.014	0.0154	0.0995	0.0004	0.1192	-21.6214	-4.2591	10.4931
8	0.1061	0.1891	0.073	0.4155	-0.0426	0.544	0.0498	-0.0037	0.023	0.0545	0.0394	0.1069	0.0844	-0.0262	-0.0892	0.1005	-0.0132	-0.0178	0.1188	0.0112	0.1269	-23.8237	-31.2435	16.3501

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	110 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	136 - 186
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	187 - 256
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	257 - 310
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	311 - 368
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	369 - 396
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	397 - 444
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	445 - 478

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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