温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: protein was concentrated to 10mg/ml. Crystals of complexes were grown using the hanging drop vapour diffusion method from 0.1M HEPES pH7.5, 0.1M MgCl2 and 10% EtOH at 4C
-
データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月20日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.59→107.85 Å / Num. obs: 54128 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 22.05 Å2 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル
解像度: 1.59→1.67 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 79.2
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
BUSTER
2.9.3
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
解像度: 1.59→23.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9505 / SU R Cruickshank DPI: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Blow DPI: 0.07 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.068
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.1915
2742
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.1717
-
-
-
obs
0.1727
53791
96.85 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 31.07 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-0.8939 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-0.8939 Å2
0 Å2
3-
-
-
1.7878 Å2
Refine analyze
Luzzati coordinate error obs: 0.178 Å
精密化ステップ
サイクル: 1 / 解像度: 1.59→23.28 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
2245
0
32
341
2618
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
Restraint function
Weight
X-RAY DIFFRACTION
t_bond_d
0.01
2343
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_angle_deg
1.03
3177
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_dihedral_angle_d
798
SINUSOIDAL
2
X-RAY DIFFRACTION
t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION
t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_trig_c_planes
59
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_gen_planes
351
HARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_it
2343
HARMONIC
20
X-RAY DIFFRACTION
t_nbd
0
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_omega_torsion
3.35
X-RAY DIFFRACTION
t_other_torsion
16.45
X-RAY DIFFRACTION
t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_chiral_improper_torsion
277
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_ideal_dist_contact
2886
SEMIHARMONIC
4
LS精密化 シェル
解像度: 1.59→1.63 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2498
154
5.03 %
Rwork
0.2295
2907
-
all
0.2305
3061
-
obs
-
-
96.85 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: -39.7368 Å / Origin y: 6.7989 Å / Origin z: -1.9805 Å