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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jf5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of type 2 PDF from Streptococcus agalactiae in complex with inhibitor AT020 | ||||||
![]() | Peptide deformylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / PDF / type 2 / NME / N-terminal methionine excision / Streptococcus agalactiae / inhibitor / AT020 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fieulaine, S. / Giglione, C. / Meinnel, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A unique peptide deformylase platform to rationally design and challenge novel active compounds. 著者: Fieulaine, S. / Alves de Sousa, R. / Maigre, L. / Hamiche, K. / Alimi, M. / Bolla, J.M. / Taleb, A. / Denis, A. / Pages, J.M. / Artaud, I. / Meinnel, T. / Giglione, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 812.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 812.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5jexC ![]() 5jeyC ![]() 5jezC ![]() 5jf0C ![]() 5jf1C ![]() 5jf2C ![]() 5jf3C ![]() 5jf4C ![]() 5jf6C ![]() 5jf7C ![]() 5jf8C ![]() 2aieS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22894.297 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: def, gbs1883 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 252分子 ![](data/chem/img/7JT.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-7JT / ( | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-IMD / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 8% PEG-8000, 100mM imidazole pH7.5, 400mM Zn acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 22777 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.39 % / CC1/2: 0.994 / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 8.84 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.24 % / Rmerge(I) obs: 0.924 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2AIE 解像度: 1.8→44.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.582 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.829 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.24 Å
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拘束条件 |
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