PDB-5jct: Crystal Structure of Human Pirin in complex with a Chemical Probe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jct

タイトル

Crystal Structure of Human Pirin in complex with a Chemical Probe pyrrolidine 24

要素

Pirin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cupin / Beta-barrel fold / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Digestion / quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / monocyte differentiation / digestion / transcription coregulator activity / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / nucleoplasm / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Ali, S. / van Montfort, R.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of a Chemical Probe Bisamide (CCT251236): An Orally Bioavailable Efficacious Pirin Ligand from a Heat Shock Transcription Factor 1 (HSF1) Phenotypic Screen.
著者: Cheeseman, M.D. / Chessum, N.E. / Rye, C.S. / Pasqua, A.E. / Tucker, M.J. / Wilding, B. / Evans, L.E. / Lepri, S. / Richards, M. / Sharp, S.Y. / Ali, S. / Rowlands, M. / O'Fee, L. / Miah, A. ...

履歴

登録	2016年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jct.cif.gz	141 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jct.ent.gz	108.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jct_validation.pdf.gz	716.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jct_full_validation.pdf.gz	716.2 KB	表示
XML形式データ	5jct_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	5jct_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/5jct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/5jct	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ewaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ewe-d 6h1i-d 1vh9-2 5ka1-d 4ero-d 2xph-2 5dr2-d 4ewd-d 3i36-d 5dt3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pirin

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.148, 67.415, 107.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Pirin / Probable quercetin 2 / 3-dioxygenase PIR / Probable quercetinase 分子量: 34330.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O00625, quercetin 2,3-dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 329分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-6JQ / N-{5-[(2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-6-carbonyl)amino]-2-methylphenyl}-2-[3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]quinoline-6-carboxamide 分子量: 550.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES (pH7.5), 8% (v/v) Eythylene Glycol, 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→42.15 Å / Num. obs: 32524 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.81 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	最高解像度: 1.73 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EWA

4ewa

解像度: 1.73→41.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.114 / SU R_free Blow DPI: 0.107 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.101

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	1631	5.02 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.173	32467	99.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.6823 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.9026 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7798 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.73→41.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2197	0	48	325	2570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2402	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	3275	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		840	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		58	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		396	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2402	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.6
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.39
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		300	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		23	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3153	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

最高解像度: 1.73 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	134	4.58 %
R_work	0.251	2793	-
obs	-	-	99.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7382	0.4085	1.0397	2.9517	-1.195	3.5339	0.0795	0.5246	-0.0283	-0.2817	0.0345	0.0337	0.2465	0.3529	-0.114	-0.0078	0.0033	0.0076	0.0399	-0.0335	-0.0926	53.5114	69.9365	3.3654
2	2.4638	0.0969	0.4594	1.017	0.3087	0.8805	-0.1389	0.1239	0.0188	-0.032	0.1206	-0.1478	-0.0668	0.0725	0.0183	-0.047	-0.0102	-0.0161	-0.0258	-0.0014	-0.0247	58.928	80.5068	13.0123
3	1.5778	-0.5797	1.9165	1.7425	-0.7356	1.2396	-0.0321	-0.1069	0.0013	0.2008	-0.035	-0.0661	-0.1003	-0.1517	0.067	0.0343	0.0301	-0.0442	0.0223	-0.0159	-0.0237	52.8654	83.8949	23.9815
4	0.8802	-0.9986	1.1367	3.4392	-0.8688	0.4675	-0.0514	-0.146	-0.2768	0.3378	0.0845	0.0325	0.1452	-0.0891	-0.0331	0.0321	0.0196	-0.0112	-0.0506	0.0358	-0.0546	54.2056	68.1382	26.7185
5	2.0271	-0.6808	-0.0057	3.0005	-0.0279	2.4116	0.0356	0.1314	-0.3602	-0.0905	0.092	0.1326	0.4517	-0.1586	-0.1276	0.0214	-0.0366	-0.0208	-0.0961	0.0044	-0.0101	51.4592	59.2007	14.586
6	2.9894	-0.5674	1.3416	2.2304	-0.3039	2.4189	-0.2122	0.3142	0.3253	0.0292	0.139	-0.0129	-0.3275	-0.1277	0.0733	-0.0895	0.013	-0.0313	-0.0023	0.0166	-0.0577	42.2354	89.2974	10.8609
7	0.0171	-0.938	-0.4662	1.1211	0.0752	1.0798	-0.0552	0.0019	0.2212	-0.1533	-0.0217	-0.2108	-0.4323	0.0544	0.0769	-0.0302	-0.0535	-0.1169	-0.0986	0.0028	0.2146	58.6703	98.4186	13.3595

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|3 - 26}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|27 - 119}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|120 - 138}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|139 - 168}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|169 - 243}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|244 - 272}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|273 - 290}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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