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万見
- PDB-5j4k: Structure of humanised RadA-mutant humRadA22F in complex with 1-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j4k
タイトルStructure of humanised RadA-mutant humRadA22F in complex with 1-Indane-6-carboxylic acid
要素DNA repair and recombination protein RadA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / DNA repair (DNA修復) / fragment based drug design / humanisation
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain ...DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid / DNA repair and recombination protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.346 Å
データ登録者Fischer, G. / Marsh, M. / Moschetti, T. / Sharpe, T. / Scott, D. / Morgan, M. / Ng, H. / Skidmore, J. / Venkitaraman, A. / Abell, C. ...Fischer, G. / Marsh, M. / Moschetti, T. / Sharpe, T. / Scott, D. / Morgan, M. / Ng, H. / Skidmore, J. / Venkitaraman, A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Hyvonen, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Engineering Archeal Surrogate Systems for the Development of Protein-Protein Interaction Inhibitors against Human RAD51.
著者: Moschetti, T. / Sharpe, T. / Fischer, G. / Marsh, M.E. / Ng, H.K. / Morgan, M. / Scott, D.E. / Blundell, T.L. / R Venkitaraman, A. / Skidmore, J. / Abell, C. / Hyvonen, M.
履歴
登録2016年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair and recombination protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7396
ポリマ－25,3991
非ポリマー3405
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.440, 61.214, 87.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA repair and recombination protein RadA


分子量: 25398.896 Da / 分子数: 1
変異: V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, K221M
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (ピュロコックス・フリオスス)
遺伝子: radA, PF1926 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O74036

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非ポリマー , 5種, 246分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-6FZ / 2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid


分子量: 162.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.08M NaCacodylate pH=6.5, 0.16M CaAcetate, 18% PEG8000, 20%glycerol soaking: 10% DMSO, 5mM compound

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.346→50.204 Å / Num. obs: 46330 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.346→1.35 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 58.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
BUSTER精密化
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo_structure

解像度: 1.346→50.204 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1638 2322 5.02 %
Rwork0.1285 --
obs0.1302 46275 94.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.346→50.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1747 0 21 241 2009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1192565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.071733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3456-1.37310.2726810.20761731X-RAY DIFFRACTION64
1.3731-1.40290.22961160.19242153X-RAY DIFFRACTION80
1.4029-1.43560.21141520.16382476X-RAY DIFFRACTION93
1.4356-1.47150.20721380.14292582X-RAY DIFFRACTION95
1.4715-1.51130.18341590.12742604X-RAY DIFFRACTION96
1.5113-1.55570.16171140.11372624X-RAY DIFFRACTION96
1.5557-1.60590.15681380.1052604X-RAY DIFFRACTION97
1.6059-1.66340.18071410.10592642X-RAY DIFFRACTION97
1.6634-1.730.15081580.10522632X-RAY DIFFRACTION97
1.73-1.80870.1451480.10842650X-RAY DIFFRACTION97
1.8087-1.9040.15611620.10682643X-RAY DIFFRACTION97
1.904-2.02330.17341280.1072699X-RAY DIFFRACTION97
2.0233-2.17960.13391290.10642701X-RAY DIFFRACTION99
2.1796-2.39890.11871350.10822717X-RAY DIFFRACTION98
2.3989-2.7460.15851380.12152769X-RAY DIFFRACTION99
2.746-3.45960.18231390.13552799X-RAY DIFFRACTION99
3.4596-50.23860.16831460.15972927X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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