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- PDB-5iqt: WelO5 bound to Fe(II), Cl, 2-oxoglutarate, and 12-epifischerindole U -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iqt
タイトルWelO5 bound to Fe(II), Cl, 2-oxoglutarate, and 12-epifischerindole U
要素WelO5
キーワードOXIDOREDUCTASE / metalloenzyme halogenase 2-oxoglutarate
機能・相同性metal ion binding / Chem-6CU / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / WelO5
機能・相同性情報
生物種Hapalosiphon welwitschii UTEX B 1830 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mitchell, A.J. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100011 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for halogenation by iron- and 2-oxo-glutarate-dependent enzyme WelO5.
著者: Mitchell, A.J. / Zhu, Q. / Maggiolo, A.O. / Ananth, N.R. / Hillwig, M.L. / Liu, X. / Boal, A.K.
履歴
登録2016年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42022年4月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WelO5
B: WelO5
C: WelO5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,91514
ポリマ－106,5903
非ポリマー1,32511
水3,873215
1
A: WelO5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0745
ポリマ－35,5301
非ポリマー5444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: WelO5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0745
ポリマ－35,5301
非ポリマー5444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: WelO5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7674
ポリマ－35,5301
非ポリマー2373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.045, 83.067, 141.944
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 WelO5


分子量: 35529.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hapalosiphon welwitschii UTEX B 1830 (バクテリア)
プラスミド: pQTEV / 詳細 (発現宿主): N-term. 6xhis-tag; ampicillin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: A0A067YX61

-
非ポリマー , 5種, 226分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 化合物 ChemComp-6CU / (6aS,9R,10R,10aS)-9-ethyl-10-isocyano-6,6,9-trimethyl-5,6,6a,7,8,9,10,10a-octahydroindeno[2,1-b]indole / 12-epi-fischerindole U


分子量: 306.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.4 % / 解説: Long needles/rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 0.1 M sodium acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 33967 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 0.993 / Net I/av σ(I): 16.667 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 240313
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.446.40.719199.2
2.44-2.496.70.686199.5
2.49-2.5370.69199.8
2.53-2.597.20.6091100
2.59-2.647.30.5621100
2.64-2.77.40.5111100
2.7-2.777.40.4351100
2.77-2.857.40.3821100
2.85-2.937.40.3361100
2.93-3.027.40.2811100
3.02-3.137.30.2321100
3.13-3.267.30.191100
3.26-3.417.30.1551100
3.41-3.587.30.1161100
3.58-3.817.30.0991100
3.81-4.17.20.081100
4.1-4.5270.0671100
4.52-5.176.90.056199.9
5.17-6.516.70.0561100
6.51-505.70.05199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IQS

5iqs


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 19.936 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.581 / ESU R Free: 0.265 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 1731 5.1 %RANDOM
Rwork0.1907 ---
obs0.1929 32172 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.79 Å2 / Biso mean: 46.366 Å2 / Biso min: 19.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.52 Å20 Å20 Å2
2--2.52 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6610 0 82 215 6907
Biso mean--46.72 43.17 -
残基数----837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0196880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.971.979331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6993.00214797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5925843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.81324.371334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.639151140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.341540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9213.293354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9213.293353
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7074.934188
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.448 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 105 -
Rwork0.273 2150 -
all-2255 -
obs--90.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76510.19320.10530.54630.14490.60180.0451-0.0249-0.01060.0787-0.04140.00420.0564-0.0123-0.00360.03740.0044-0.01040.2469-0.0170.0601-1.779.6136-2.5791
21.069-0.22840.07790.70370.17670.77950.05090.1389-0.14410.0578-0.03620.01510.0356-0.0259-0.01470.0144-0.0157-0.01610.2389-0.07570.1003-36.6924-7.1136-19.3943
30.4506-0.01310.13150.5072-0.39031.7452-0.0316-0.0325-0.0270.1341-0.0186-0.0265-0.1416-0.03360.05030.0809-0.0107-0.01910.2040.02550.0366-4.4254-32.4947-27.3424
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 290
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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