[日本語] English
万見
- PDB-5iaw: Novel natural FXR modulator with a unique binding mode -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iaw
タイトルNovel natural FXR modulator with a unique binding mode
要素
  • Bile acid receptor
  • Peptide from Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / NUCLEAR PROTEIN RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production ...regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / : / toll-like receptor 9 signaling pathway / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / bile acid nuclear receptor activity / bile acid metabolic process / cell-cell junction assembly / bile acid binding / cellular response to fatty acid / regulation of cholesterol metabolic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of interleukin-2 production / intracellular glucose homeostasis / locomotor rhythm / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / aryl hydrocarbon receptor binding / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / fatty acid homeostasis / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / Notch signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / nuclear receptor coactivator activity / transcription coregulator binding / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / euchromatin / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Circadian Clock / HATs acetylate histones / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / cell differentiation / receptor complex / nuclear body / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / innate immune response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T73 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Lu, Y. / Li, Y.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: A Novel Class of Natural FXR Modulators with a Unique Mode of Selective Co-regulator Assembly
著者: Zheng, W. / Lu, Y. / Lin, S. / Wang, R. / Qiu, L. / Zhu, Y. / Yao, B. / Guo, F. / Jin, S. / Jin, L. / Li, Y.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bile acid receptor
B: Bile acid receptor
C: Peptide from Nuclear receptor coactivator 2
D: Peptide from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6117
ポリマ－55,7884
非ポリマー8233
水63135
1
A: Bile acid receptor
C: Peptide from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4434
ポリマ－27,8942
非ポリマー5492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
2
B: Bile acid receptor
D: Peptide from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1683
ポリマ－27,8942
非ポリマー2741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.748, 34.951, 144.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.740, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

#1: タンパク質 Bile acid receptor / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H ...Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 / Retinoid X receptor-interacting protein 14 / RXR-interacting protein 14


分子量: 26673.674 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 259-486 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H4, BAR, FXR, HRR1, RIP14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96RI1
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Nuclear receptor coactivator 2


分子量: 1220.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B6XJZ8, UniProt: Q15596*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-T73 / (1S,2R,4S)-1,7,7-trimethylbicyclo[2.2.1]heptan-2-yl 4-hydroxybenzoate


分子量: 274.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H22O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. all: 17753 / Num. obs: 16539 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/av σ(I): 16.481 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.58-2.614.30.278196.4
2.61-2.674.40.269196.6
2.67-2.744.30.224195.9
2.74-2.814.40.201196.2
2.81-2.894.30.161195.5
2.89-2.994.40.146197.2
2.99-3.094.30.12196.3
3.09-3.224.30.096196
3.22-3.364.30.082197.9
3.36-3.544.30.074197.4
3.54-3.764.20.069199
3.76-4.054.30.06199.7
4.05-4.464.40.0521100
4.46-5.14.60.052199.8
5.1-6.434.70.047199.8
6.43-504.50.035199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→36.338 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 9.75 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.385 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 818 4.7 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.1972 16539 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.54 Å2 / Biso mean: 36.114 Å2 / Biso min: 13.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å2-0 Å20.62 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→36.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3905 0 60 35 4000
Biso mean--31.65 30.01 -
残基数----475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194048
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0241.9915480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90839099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3015471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.64224.898196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.51615760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4311520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7673.3291896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7663.3291897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2734.992363
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 61 -
Rwork0.234 1179 -
all-1240 -
obs--96.8 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る