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- PDB-5i1w: Crystal structure of CrmK, a flavoenzyme involved in the shunt pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i1w
タイトルCrystal structure of CrmK, a flavoenzyme involved in the shunt product recycling mechanism in caerulomycin biosynthesis
要素CrmK
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoenzyme / oxidase / covalently bound FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type ...: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy[2,2'-bipyridine]-6-carbaldehyde / 6-(hydroxymethyl)[2,2'-bipyridin]-4-ol / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / CrmK
類似検索 - 構成要素
生物種Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Picard, M.-E. / Barma, J. / Shi, R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Biochemical and structural insights into flavoenzyme CrmK reveals a shunt product recycling mechanism in caerulomycin biosynthesis
著者: Zhu, Y. / Picard, M.-E. / Mei, X. / Zhang, Q. / Barma, J. / Murphy Despres, X. / Couture, M. / Zhu, W. / Zhang, C. / Shi, R.
履歴
登録2016年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CrmK
B: CrmK
C: CrmK
D: CrmK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,09212
ポリマ－221,1434
非ポリマー3,9498
水10,809600
1
A: CrmK
B: CrmK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5476
ポリマ－110,5712
非ポリマー1,9764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area33880 Å2
手法PISA
2
C: CrmK
D: CrmK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5456
ポリマ－110,5712
非ポリマー1,9744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area33730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.110, 95.200, 98.040
Angle α, β, γ (deg.)94.730, 96.560, 105.200
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
CrmK


分子量: 55285.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H8Y6P5
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-67L / 6-(hydroxymethyl)[2,2'-bipyridin]-4-ol


分子量: 202.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10N2O2
#4: 化合物 ChemComp-67K / 4-hydroxy[2,2'-bipyridine]-6-carbaldehyde


分子量: 200.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 0.96 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→45.6 Å / Num. obs: 114678 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.95 / Rsym value: 0.162 / Net I/av σ(I): 2.968 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.272.40.6990.7196.1
2.27-2.42.40.5141196.4
2.4-2.572.40.3571.5196.7
2.57-2.782.40.2532.1196.9
2.78-3.042.40.1763.1197.2
3.04-3.42.40.1323.9197.4
3.4-3.932.40.1174.1197.7
3.93-4.812.40.0915.7197.9
4.81-6.82.40.0865.8198.2
6.8-45.6182.40.0667.7198

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I1V

5i1v


解像度: 2.15→45.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.003 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.2297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.183
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2133 5754 5 %RANDOM
Rwork0.1683 ---
obs0.1707 108921 97.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.14 Å2 / Biso mean: 34.51 Å2 / Biso min: 14.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.79 Å23 Å20.77 Å2
2---1.3 Å20.32 Å2
3----2.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→45.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15536 0 272 600 16408
Biso mean--28.88 37.37 -
残基数----1992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01916331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7051.95822375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8823.00133808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.60452000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.68622.416778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.907152284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.00915157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02118754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4373.197976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4363.1897975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5974.7789966
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 418 -
Rwork0.249 7988 -
all-8406 -
obs--96.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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