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- PDB-5hko: Crystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein MSMEG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hko
タイトルCrystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein MSMEG_3598 from Mycobacterium smegmatis str. MC2 155, target EFI-510969, in complex with L-sorbitol
要素ABC transporter, carbohydrate uptake transporter-2 (CUT2) family, periplasmic sugar-binding protein
キーワードSOLUTE-BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to carbohydrate stimulus / carbohydrate transport / carbohydrate binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-glucitol / ACETATE ION / IMIDAZOLE / Xylitol-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Roth, Y. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM093342 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein MSMEG_3598 from Mycobacterium smegmatis str. MC2 155, target EFI-510969, in complex with L-sorbitol
著者: Roth, Y. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2016年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, carbohydrate uptake transporter-2 (CUT2) family, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,66034
ポリマ－36,6551
非ポリマー2,00533
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.947, 62.940, 73.153
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ABC transporter, carbohydrate uptake transporter-2 (CUT2) family, periplasmic sugar-binding protein / Periplasmic sugar-binding proteins


分子量: 36654.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_3598, MSMEI_3515 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QYB3, monosaccharide-transporting ATPase

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非ポリマー , 6種, 320分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-62W / L-glucitol / L-sorbitol / D-gulitol / L-グルシト-ル


分子量: 182.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O6
#5: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM L-sorbitol); Reservoir (MCSG4 A7)(0.2 M Zinc Acetate Dihydrate, 0.1 M Imidazole pH 8, 2.5 M Sodium Chloride); Cryoprotection (20% Diethylene Glycol, 80% Reservoir)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 91508 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.262 / Net I/av σ(I): 24.165 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 650580
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.2-1.2470.68590210.8290.2770.741.03799.7
1.24-1.297.10.55790470.8790.2230.6011.049100
1.29-1.357.20.43790540.9220.1750.4711.089100
1.35-1.427.20.34690750.9460.1370.3721.139100
1.42-1.517.30.24790870.9720.0980.2661.237100
1.51-1.637.30.17690840.9850.070.191.255100
1.63-1.797.30.13791400.9890.0550.1481.441100
1.79-2.0570.11291810.9930.0460.1211.419100
2.05-2.5970.07692220.9960.0310.0821.442100
2.59-506.60.05495970.9970.0230.0581.5199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RS3

4rs3


解像度: 1.2→47.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.963 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1779 4465 4.9 %RANDOM
Rwork0.1558 ---
obs0.1568 86963 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.35 Å2 / Biso mean: 14.242 Å2 / Biso min: 4.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→47.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2308 0 73 287 2668
Biso mean--17.65 25.26 -
残基数----314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0360.022436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8281.9833302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.213.0015478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5345327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.93827.327101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05115416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.529157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1680.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0212854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2730.8731284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2420.8691280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8331.311608
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 340 -
Rwork0.213 6333 -
all-6673 -
obs--99.7 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.9217 Å / Origin y: -23.338 Å / Origin z: 1.9355 Å
111213212223313233
T0.0085 Å20.0017 Å20.001 Å2-0.0185 Å2-0.001 Å2--0.0025 Å2
L0.582 °20.2019 °2-0.0234 °2-0.5282 °20.0687 °2--0.1709 °2
S-0.0177 Å °0.029 Å °-0.0068 Å °0.0058 Å °0.0235 Å °0.0155 Å °0.0152 Å °0.01 Å °-0.0058 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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