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- PDB-5eds: Crystal structure of human PI3K-gamma in complex with benzimidazo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eds
タイトルCrystal structure of human PI3K-gamma in complex with benzimidazole inhibitor 5
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Inhibitor / phosphotransferase / p110 / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / T cell activation / ephrin receptor binding / positive regulation of endothelial cell migration / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / kinase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5MT / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Whittington, D.A. / Tang, J. / Yakowec, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery, Optimization, and in Vivo Evaluation of Benzimidazole Derivatives AM-8508 and AM-9635 as Potent and Selective PI3K delta Inhibitors.
著者: Shin, Y. / Suchomel, J. / Cardozo, M. / Duquette, J. / He, X. / Henne, K. / Hu, Y.L. / Kelly, R.C. / McCarter, J. / McGee, L.R. / Medina, J.C. / Metz, D. / San Miguel, T. / Mohn, D. / Tran, T. ...著者: Shin, Y. / Suchomel, J. / Cardozo, M. / Duquette, J. / He, X. / Henne, K. / Hu, Y.L. / Kelly, R.C. / McCarter, J. / McGee, L.R. / Medina, J.C. / Metz, D. / San Miguel, T. / Mohn, D. / Tran, T. / Vissinga, C. / Wong, S. / Wannberg, S. / Whittington, D.A. / Whoriskey, J. / Yu, G. / Zalameda, L. / Zhang, X. / Cushing, T.D.
履歴
登録2015年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月6日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Refinement description
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5075
ポリマ－109,7671
非ポリマー7404
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.301, 68.234, 106.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform / PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit gamma / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit gamma / p110gamma / Phosphoinositide-3-kinase catalytic gamma polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CG / p120-PI3K


分子量: 109767.000 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 144-1102 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: catalytic domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CG
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-5MT / 4-azanyl-6-[[(1~{S})-1-[6-fluoranyl-1-(3-methylsulfonylphenyl)benzimidazol-2-yl]ethyl]amino]pyrimidine-5-carbonitrile


分子量: 451.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18FN7O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Tris (pH 7.3), 0.25 M ammonium sulfate, 2 mM DTT
Temp details: 20 C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 25882 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 84.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.109 / Net I/av σ(I): 17.562 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 85045
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.93.20.55225881.02899.8
2.9-3.023.30.37325821.032100
3.02-3.153.30.27925961.10899.9
3.15-3.323.30.17825821.187100
3.32-3.533.30.12125871.18899.8
3.53-3.83.30.08926001.12599.7
3.8-4.183.30.07725521.15599
4.18-4.793.20.06925751.08598.4
4.79-6.033.20.06725951.04998.4
6.03-503.20.03226251.12997.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WWP

4wwp


解像度: 2.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.2887 / WRfactor Rwork: 0.2192 / FOM work R set: 0.7973 / SU B: 35.018 / SU ML: 0.32 / SU R Cruickshank DPI: 0.3248 / SU Rfree: 0.4193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2733 1834 7.2 %RANDOM
Rwork0.2077 ---
obs0.2124 23706 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.58 Å2 / Biso mean: 73.5 Å2 / Biso min: 40.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.22 Å20 Å20.6 Å2
2--4.42 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6674 0 47 15 6736
Biso mean--90.59 59.46 -
残基数----823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.026862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0671.9689285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.797311454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8215812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.37824.272316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.004151248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4751540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021366
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 135 -
Rwork0.305 1673 -
all-1808 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6136-0.7499-0.16270.6355-0.01012.14430.0736-0.0628-0.9317-0.12170.19320.42220.1754-0.415-0.26680.1433-0.0446-0.01530.24040.17670.523322.0214-13.796728.6091
24.5709-1.52990.83631.22561.04224.34880.2434-0.8647-0.8505-0.03590.25320.4725-0.0287-1.0014-0.49660.0626-0.03890.08260.58340.3640.573812.7704-12.373231.771
30.67320.2902-0.7651.9291-0.94731.40310.1111-0.0822-0.0095-0.0528-0.0216-0.0622-0.0550.5174-0.08950.2675-0.00650.03680.6293-0.07240.270766.906-5.843614.9719
42.00620.0570.22160.4137-0.32170.3764-0.00010.4829-0.15440.01890.09060.0534-0.06220.1987-0.09050.35180.03390.03170.6031-0.1090.273157.0261-7.977313.7514
52.4137-0.48770.9130.1488-0.01591.28930.0648-0.1588-0.4103-0.00470.11380.1319-0.08540.0696-0.17860.32060.00920.01420.32970.03040.40546.0972-10.082234.3359
62.4331-0.82090.6060.7757-0.54270.74950.04510.3314-0.06690.01450.04650.2362-0.3405-0.1469-0.09160.37030.12770.00440.46610.04810.293920.22465.073817.485
72.1040.01380.40430.5061-0.25011.1034-0.2961-0.29170.45480.28850.103-0.0672-0.5638-0.06640.19310.69120.1781-0.02090.2584-0.1250.337529.98919.696737.0665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A147 - 247
2X-RAY DIFFRACTION2A269 - 321
3X-RAY DIFFRACTION3A352 - 435
4X-RAY DIFFRACTION4A457 - 532
5X-RAY DIFFRACTION5A546 - 725
6X-RAY DIFFRACTION6A726 - 885
7X-RAY DIFFRACTION7A886 - 1088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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