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Yorodumi- PDB-5dhu: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dhu | ||||||
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Title | Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a novel inhibitor | ||||||
Components | NAD kinase 1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / tetrameric NAD kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Listeria monocytogenes serovar 1/2a (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.33 Å | ||||||
Authors | Gelin, M. / Paoletti, J. / Assairi, L. / Huteau, V. / Pochet, S. / Labesse, G. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Eur.J.Med.Chem. / Year: 2016 Title: 8-Thioalkyl-adenosine derivatives inhibit Listeria monocytogenes NAD kinase through a novel binding mode. Authors: Paoletti, J. / Assairi, L. / Gelin, M. / Huteau, V. / Nahori, M.A. / Dussurget, O. / Labesse, G. / Pochet, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dhu.cif.gz | 425.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dhu.ent.gz | 353.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dhu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5dhpC 5dhqC 5dhrC 5dhsC 5dhtC 2i1wS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31045.279 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (bacteria) Strain: ATCC BAA-679 / EGD-e / Gene: nadK1, lmo0968 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Chemical | ChemComp-5A8 / #4: Chemical | ChemComp-CIT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 30 mM sodium bromide, 220 mM potassium citrate, pH 4.8-5.1, glycerol 6%, 15-16% w/v polyethylene glycol 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.978002 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 6, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978002 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.33→66.643 Å / Num. all: 41403 / Num. obs: 41403 / % possible obs: 92.6 % / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 47.22 Å2 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.046 / Rsym value: 0.032 / Net I/av σ(I): 16.056 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 111019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2i1w Resolution: 2.33→47.453 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / Phase error: 32.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.33→47.453 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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