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万見
- PDB-5d2t: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d2t
タイトルDirected evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 3 Wild Type
要素De novo designed kemp eliminase KE07
キーワードDE NOVO PROTEIN / LYASE / Kemp Eliminase / Directed Evolution / KE07
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 5-nitro-2-oxidanyl-benzenecarbonitrile
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Jackson, C.J. / Hong, N.-S. / Carr, P.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 1 Wild Type
著者: Hong, N.-S. / Jackson, C.J. / Carr, P.D.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.32024年12月25日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed kemp eliminase KE07
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3242
ポリマ－29,1591
非ポリマー1641
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.338, 96.338, 155.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 De novo designed kemp eliminase KE07


分子量: 29159.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-6VP / 5-nitro-2-oxidanyl-benzenecarbonitrile / 2-hydroxy-5-nitrobenzonitrile


分子量: 164.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 19% (W/V) PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, PH 8.5, 0.2M NAF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→46.007 Å / Num. obs: 35874 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.2201 / Net I/σ(I): 15.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RKX

2rkx


解像度: 1.87→46.007 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 1793 5 %
Rwork0.1906 --
obs0.1926 35873 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→46.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 0 12 193 2159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0042798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.486769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.92060.36891190.35792569X-RAY DIFFRACTION100
1.9206-1.97710.32361230.31562569X-RAY DIFFRACTION100
1.9771-2.04090.2851450.23842557X-RAY DIFFRACTION100
2.0409-2.11380.2951300.26412582X-RAY DIFFRACTION100
2.1138-2.19850.22471450.19522587X-RAY DIFFRACTION100
2.1985-2.29850.29091280.22812575X-RAY DIFFRACTION100
2.2985-2.41970.23441390.18982591X-RAY DIFFRACTION100
2.4197-2.57130.22791480.1842600X-RAY DIFFRACTION100
2.5713-2.76980.23411260.1862623X-RAY DIFFRACTION100
2.7698-3.04850.21281580.17822611X-RAY DIFFRACTION100
3.0485-3.48950.22181380.17522651X-RAY DIFFRACTION100
3.4895-4.39580.20641480.15162697X-RAY DIFFRACTION100
4.3958-46.02130.20521460.16712868X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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