プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.37→37.4 Å / Num. obs: 37160 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 68.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル
解像度: 2.37→2.45 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
BUSTER
2.11.6
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→36.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9488 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9379 / SU R Cruickshank DPI: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Blow DPI: 0.166 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.165 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2119
1723
5.06 %
RANDOM
Rwork
0.1981
-
-
-
obs
0.1988
34066
99.7 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 67.57 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-0.9896 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-0.9896 Å2
0 Å2
3-
-
-
1.9793 Å2
Refine analyze
Luzzati coordinate error obs: 0.373 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.37→36.81 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
3491
0
52
116
3659
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
Restraint function
Weight
X-RAY DIFFRACTION
t_bond_d
0.009
3637
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_angle_deg
1.02
4945
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_dihedral_angle_d
1260
SINUSOIDAL
2
X-RAY DIFFRACTION
t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION
t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_trig_c_planes
88
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_gen_planes
529
HARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_it
3637
HARMONIC
20
X-RAY DIFFRACTION
t_nbd
X-RAY DIFFRACTION
t_omega_torsion
3.07
X-RAY DIFFRACTION
t_other_torsion
18.35
X-RAY DIFFRACTION
t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_chiral_improper_torsion
471
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_ideal_dist_contact
4103
SEMIHARMONIC
4
LS精密化 シェル
解像度: 2.37→2.44 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2528
150
5.18 %
Rwork
0.2438
2748
-
all
0.2442
2898
-
obs
-
-
99.7 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: -30.8244 Å / Origin y: -28.0935 Å / Origin z: -9.0873 Å