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- PDB-5a3n: Crystal structure of human PLU-1 (JARID1B) in complex with KDOAM25a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a3n
タイトルCrystal structure of human PLU-1 (JARID1B) in complex with KDOAM25a
要素LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 5B
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of estradiol secretion / mammary duct terminal end bud growth / uterus morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / lens fiber cell differentiation / histone H3K4 demethylase activity / cellular response to fibroblast growth factor stimulus ...regulation of estradiol secretion / mammary duct terminal end bud growth / uterus morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / lens fiber cell differentiation / histone H3K4 demethylase activity / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / histone demethylase activity / single fertilization / response to fungicide / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / post-embryonic development / cellular response to leukemia inhibitory factor / HDMs demethylate histones / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / rhythmic process / histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Lysine-specific demethylase-like domain / PLU-1-like protein / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID/BRIGHT DNA binding domain ...: / : / : / : / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Lysine-specific demethylase-like domain / PLU-1-like protein / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LQT / : / PHOSPHATE ION / Lysine-specific demethylase 5B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Srikannathasan, V. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Nuzzi, A. / Ruda, G.F. / Kopec, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. ...Srikannathasan, V. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Nuzzi, A. / Ruda, G.F. / Kopec, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Brennan, P. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017
タイトル: Potent and Selective KDM5 Inhibitor Stops Cellular Demethylation of H3K4me3 at Transcription Start Sites and Proliferation of MM1S Myeloma Cells.
著者: Tumber, A. / Nuzzi, A. / Hookway, E.S. / Hatch, S.B. / Velupillai, S. / Johansson, C. / Kawamura, A. / Savitsky, P. / Yapp, C. / Szykowska, A. / Wu, N. / Bountra, C. / Strain-Damerell, C. / ...著者: Tumber, A. / Nuzzi, A. / Hookway, E.S. / Hatch, S.B. / Velupillai, S. / Johansson, C. / Kawamura, A. / Savitsky, P. / Yapp, C. / Szykowska, A. / Wu, N. / Bountra, C. / Strain-Damerell, C. / Burgess-Brown, N.A. / Ruda, G.F. / Fedorov, O. / Munro, S. / England, K.S. / Nowak, R.P. / Schofield, C.J. / La Thangue, N.B. / Pawlyn, C. / Davies, F. / Morgan, G. / Athanasou, N. / Muller, S. / Oppermann, U. / Brennan, P.E.
履歴
登録2015年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Database references
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,84416
ポリマ－55,4581
非ポリマー1,38715
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.874, 141.874, 151.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 5B / CANCER/TESTIS ANTIGEN 31 / CT31 / HISTONE DEMETHYLASE JARID1B / JUMONJI/ARID DOMAIN-CONTAINING ...CANCER/TESTIS ANTIGEN 31 / CT31 / HISTONE DEMETHYLASE JARID1B / JUMONJI/ARID DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1B / PLU-1 / RETINOBLASTOMA-BINDING PROTEIN 2 HOMOLOG 1 / RBP2-H1


分子量: 55457.578 Da / 分子数: 1 / 断片: JMJC DOMAIN, RESIDUES 26-101,374-772 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UGL1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9UGL1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 8種, 419分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-LQT / 2-[[[2-[2-(dimethylamino)ethyl-ethyl-amino]-2-oxidanylidene-ethyl]amino]methyl]pyridine-4-carboxamide / KDOAM25A


分子量: 307.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H25N5O2
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUE S AND M FROM THE EXPRESSION PLASMID, SEQUENCE L101 TO G369 WAS DELETED AND LINKED BY FOUR ...RESIDUE S AND M FROM THE EXPRESSION PLASMID, SEQUENCE L101 TO G369 WAS DELETED AND LINKED BY FOUR GLYCINE RESIDUES (GLYCINE LINKER).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.1M HEPES PH 8.0, 0.8M POTASSIUM PHOSPHATE-DIBASIC, 0.8M SODIUM PHOSPHATE MONOBASIC

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.81 Å / Num. obs: 60715 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4-AUTOMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 51AF

51af


解像度: 2→122.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.028 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20335 3018 5 %RANDOM
Rwork0.18281 ---
obs0.18382 57644 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.565 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20.21 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→122.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3656 0 75 404 4135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193852
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.9675228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94738213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2045459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7123.672177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.65615619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7531522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0233.4531829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0243.4521828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2285.1622284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4763.7372021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 200 -
Rwork0.262 3883 -
obs--92.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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