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万見
- EMDB-5887: Preparation of Primary Neurons for Visualizing Neurites in a Froz... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5887
タイトルPreparation of Primary Neurons for Visualizing Neurites in a Frozen-hydrated State Using Cryo-Electron Tomography
マップデータReconstruction of a rat hippocampal neurite
試料
  • 試料: Rat hippocampal neurite
  • 細胞器官・細胞要素: hippocampal neurite
キーワードneurites / neurobiology / brain / rat / primary neuron culture / hippocampal / dorsal root ganglion / cryo-electron tomography / cryo-electron microscopy
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Shahmoradian SH / Galiano MR / Wu C / Chen S / Rasband MN / Mobley WC / Chiu W
引用ジャーナル: J Vis Exp / 年: 2014
タイトル: Preparation of primary neurons for visualizing neurites in a frozen-hydrated state using cryo-electron tomography.
著者: Sarah H Shahmoradian / Mauricio R Galiano / Chengbiao Wu / Shurui Chen / Matthew N Rasband / William C Mobley / Wah Chiu /
要旨: Neurites, both dendrites and axons, are neuronal cellular processes that enable the conduction of electrical impulses between neurons. Defining the structure of neurites is critical to understanding ...Neurites, both dendrites and axons, are neuronal cellular processes that enable the conduction of electrical impulses between neurons. Defining the structure of neurites is critical to understanding how these processes move materials and signals that support synaptic communication. Electron microscopy (EM) has been traditionally used to assess the ultrastructural features within neurites; however, the exposure to organic solvent during dehydration and resin embedding can distort structures. An important unmet goal is the formulation of procedures that allow for structural evaluations not impacted by such artifacts. Here, we have established a detailed and reproducible protocol for growing and flash-freezing whole neurites of different primary neurons on electron microscopy grids followed by their examination with cryo-electron tomography (cryo-ET). This technique allows for 3-D visualization of frozen, hydrated neurites at nanometer resolution, facilitating assessment of their morphological differences. Our protocol yields an unprecedented view of dorsal root ganglion (DRG) neurites, and a visualization of hippocampal neurites in their near-native state. As such, these methods create a foundation for future studies on neurites of both normal neurons and those impacted by neurological disorders.
履歴
登録2014年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月19日-
マップ公開2014年3月19日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5887.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5887.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 574.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Reconstruction of a rat hippocampal neurite
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
21.16 Å/pix.
x 1024 pix.
= 21667.84 Å		21.16 Å/pix.
x 294 pix.
= 6221.04 Å		21.16 Å/pix.
x 1024 pix.
= 21667.84 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 21.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-14213.0 - 12104.0
平均 (標準偏差)847.404846189999944 (±924.980529789999991)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin13500
サイズ29410241024
Spacing29410241024
セルA: 21667.84 Å / B: 6221.04 Å / C: 21667.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z21.1621.1621.16
M x/y/z10242941024
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z21667.8406221.04021667.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS01350
NC/NR/NS10242941024
D min/max/mean-14213.00012104.000847.405

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rat hippocampal neurite

全体名称: Rat hippocampal neurite
要素
  • 試料: Rat hippocampal neurite
  • 細胞器官・細胞要素: hippocampal neurite

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超分子 #1000: Rat hippocampal neurite

超分子名称: Rat hippocampal neurite / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: hippocampal neurite

超分子名称: hippocampal neurite / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Rat / 組織: Hippocampus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
日付2011年7月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 60 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 倍率（公称値）: 20000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 5 °

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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