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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5694 | |||||||||
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タイトル | Type III secretion system (Injectisome) of Yersinia enterocolitica in situ | |||||||||
マップデータ | In situ structure of the Yersinia enterocolitica Injectisome | |||||||||
試料 |
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キーワード | T3SS / YscC / YscD / YscJ / YscV / cryo electron tomography / sub-volume averaging. | |||||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kudryashev M / Stenta M / Schmelz S / Amstutz M / Wiesand U / Castano-Diez D / Degiacomi M / Muennich S / Bleck CKE / Kowal J ...Kudryashev M / Stenta M / Schmelz S / Amstutz M / Wiesand U / Castano-Diez D / Degiacomi M / Muennich S / Bleck CKE / Kowal J / Diepold A / Heinz DW / Dal Peraro M / Cornelis GR / Stahlberg H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2013 タイトル: In situ structural analysis of the Yersinia enterocolitica injectisome. 著者: Mikhail Kudryashev / Marco Stenta / Stefan Schmelz / Marlise Amstutz / Ulrich Wiesand / Daniel Castaño-Díez / Matteo T Degiacomi / Stefan Münnich / Christopher Ke Bleck / Julia Kowal / ...著者: Mikhail Kudryashev / Marco Stenta / Stefan Schmelz / Marlise Amstutz / Ulrich Wiesand / Daniel Castaño-Díez / Matteo T Degiacomi / Stefan Münnich / Christopher Ke Bleck / Julia Kowal / Andreas Diepold / Dirk W Heinz / Matteo Dal Peraro / Guy R Cornelis / Henning Stahlberg / 要旨: Injectisomes are multi-protein transmembrane machines allowing pathogenic bacteria to inject effector proteins into eukaryotic host cells, a process called type III secretion. Here we present the ...Injectisomes are multi-protein transmembrane machines allowing pathogenic bacteria to inject effector proteins into eukaryotic host cells, a process called type III secretion. Here we present the first three-dimensional structure of Yersinia enterocolitica and Shigella flexneri injectisomes in situ and the first structural analysis of the Yersinia injectisome. Unexpectedly, basal bodies of injectisomes inside the bacterial cells showed length variations of 20%. The in situ structures of the Y. enterocolitica and S. flexneri injectisomes had similar dimensions and were significantly longer than the isolated structures of related injectisomes. The crystal structure of the inner membrane injectisome component YscD appeared elongated compared to a homologous protein, and molecular dynamics simulations documented its elongation elasticity. The ring-shaped secretin YscC at the outer membrane was stretched by 30-40% in situ, compared to its isolated liposome-embedded conformation. We suggest that elasticity is critical for some two-membrane spanning protein complexes to cope with variations in the intermembrane distance. DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00792.001. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5694.map.gz | 7.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5694-v30.xml emd-5694.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5694_1.jpg | 29.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5694 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5694 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5694_validation.pdf.gz | 79.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5694_full_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5694_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5694 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5694 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5694.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | In situ structure of the Yersinia enterocolitica Injectisome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ |
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密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yersinia enterocolitica intact bacterial cells containing type II...
全体 | 名称: Yersinia enterocolitica intact bacterial cells containing type III secretion injectisomes |
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要素 |
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-超分子 #1000: Yersinia enterocolitica intact bacterial cells containing type II...
超分子 | 名称: Yersinia enterocolitica intact bacterial cells containing type III secretion injectisomes タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Bacteria were taken from cell culture and were rapidly prepared for cryo imaging 集合状態: various / Number unique components: 9 |
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-分子 #1: Bacterial Type III Secretion System
分子 | 名称: Bacterial Type III Secretion System / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Injectisome, T3SS / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | 詳細: PBS |
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グリッド | 詳細: Quantifoil holey carbon grids with various hole sizes |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Tridem エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2009年11月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k) 実像数: 61 / 平均電子線量: 100 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 19500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -15.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -3.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用したサブトモグラム数: 941 |
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CTF補正 | 詳細: Each micrograph was phase flipped assuming the value of nominal defocus. Focal pair tomography was employed. |
最終 3次元分類 | クラス数: 1 |