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- EMDB-51373: Full-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51373
タイトルFull-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase
マップデータmain map, phenix.autosharpen
試料
  • 複合体: Nedd4-2
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 5 of E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
キーワードNedd4-2 / calcium / 14-3-3 proteins / H/D exchange / Cryo-EM / SAXS / protein-protein interaction / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / : / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of protein localization to cell surface / regulation of membrane repolarization ...negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / : / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of protein localization to cell surface / regulation of membrane repolarization / regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of membrane depolarization / potassium channel inhibitor activity / receptor catabolic process / positive regulation of dendrite extension / ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / HECT-type E3 ubiquitin transferase / sodium channel inhibitor activity / regulation of dendrite morphogenesis / neuromuscular junction development / regulation of synapse organization / sodium channel regulator activity / protein monoubiquitination / potassium channel regulator activity / protein K48-linked ubiquitination / multivesicular body / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / regulation of membrane potential / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / regulation of protein stability / Budding and maturation of HIV virion / receptor internalization / Stimuli-sensing channels / neuron projection development / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / monoatomic ion transmembrane transport / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / apical plasma membrane / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain ...E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Kosek D / Janosev M / Obsil T / Obsilova V
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech Republic23-046865 チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of ubiquitin ligase Nedd4-2 autoinhibition and regulation by calcium and 14-3-3 proteins.
著者: Masa Janosev / Dalibor Kosek / Andrej Tekel / Rohit Joshi / Karolina Honzejkova / Pavel Pohl / Tomas Obsil / Veronika Obsilova /
要旨: Nedd4-2 E3 ligase regulates Na homeostasis by ubiquitinating various channels and membrane transporters, including the epithelial sodium channel ENaC. In turn, Nedd4-2 dysregulation leads to various ...Nedd4-2 E3 ligase regulates Na homeostasis by ubiquitinating various channels and membrane transporters, including the epithelial sodium channel ENaC. In turn, Nedd4-2 dysregulation leads to various conditions, including electrolytic imbalance, respiratory distress, hypertension, and kidney diseases. However, Nedd4-2 regulation remains mostly unclear. The present study aims at elucidating Nedd4-2 regulation by structurally characterizing Nedd4-2 and its complexes using several biophysical techniques. Our cryo-EM reconstruction shows that the C2 domain blocks the E2-binding surface of the HECT domain. This blockage, ubiquitin-binding exosite masking by the WW1 domain, catalytic C922 blockage and HECT domain stabilization provide the structural basis for Nedd4-2 autoinhibition. Furthermore, Ca-dependent C2 membrane binding disrupts C2/HECT interactions, but not Ca alone, whereas 14-3-3 protein binds to a flexible region of Nedd4-2 containing the WW2 and WW3 domains, thereby inhibiting its catalytic activity and membrane binding. Overall, our data provide key mechanistic insights into Nedd4-2 regulation toward fostering the development of strategies targeting Nedd4-2 function.
履歴
登録2024年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51373.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51373.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map, phenix.autosharpen
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.752 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.752 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.752 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8336 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-35.757744000000002 - 57.694789999999998
平均 (標準偏差)-0.000000000000373 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.75198 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51373_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: raw map

ファイルemd_51373_additional_1.map
注釈raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51373_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51373_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nedd4-2

全体名称: Nedd4-2
要素
  • 複合体: Nedd4-2
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 5 of E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like

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超分子 #1: Nedd4-2

超分子名称: Nedd4-2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform 5 of E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like

分子名称: Isoform 5 of E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 110.472945 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GLGSMATGLG EPVYGLSEDE GESRILRVKV VSGIDLAKKD IFGASDPYVK LSLYVADENR ELALVQTKTI KKTLNPKWNE EFYFRVNPS NHRLLFEVFD ENRLTRDDFL GQVDVPLSHL PTEDPTMERP YTFKDFLLRP RSHKSRVKGF LRLKMAYMPK N GGQDEENS ...文字列:
GLGSMATGLG EPVYGLSEDE GESRILRVKV VSGIDLAKKD IFGASDPYVK LSLYVADENR ELALVQTKTI KKTLNPKWNE EFYFRVNPS NHRLLFEVFD ENRLTRDDFL GQVDVPLSHL PTEDPTMERP YTFKDFLLRP RSHKSRVKGF LRLKMAYMPK N GGQDEENS DQRDDMEHGW EVVDSNDSAS QHQEELPPPP LPPGWEEKVD NLGRTYYVNH NNRTTQWHRP SLMDVSSESD NN IRQINQE AAHRRFRSRR HISEDLEPEP SEGGDVPEPW ETISEEVNIA GDSLGLALPP PPASPGSRTS PQELSEELSR RLQ ITPDSN GEQFSSLIQR EPSSRLRSCS VTDAVAEQGH LPPPSVAYVH TTPGLPSGWE ERKDAKGRTY YVNHNNRTTT WTRP IMQLA EDGASGSATN SNNHLIEPQI RRPRSLSSPT VTLSAPLEGA KDSPVRRAVK DTLSNPQSPQ PSPYNSPKPQ HKVTQ SFLP PGWEMRIAPN GRPFFIDHNT KTTTWEDPRL KFPVHMRSKT SLNPNDLGPL PPGWEERIHL DGRTFYIDHN SKITQW EDP RLQNPAITGP AVPYSREFKQ KYDYFRKKLK KPADIPNRFE MKLHRNNIFE ESYRRIMSVK RPDVLKARLW IEFESEK GL DYGGVAREWF FLLSKEMFNP YYGLFEYSAT DNYTLQINPN SGLCNEDHLS YFTFIGRVAG LAVFHGKLLD GFFIRPFY K MMLGKQITLN DMESVDSEYY NSLKWILEND PTELDLMFCI DEENFGQTYQ VDLKPNGSEI MVTNENKREY IDLVIQWRF VNRVQKQMNA FLEGFTELLP IDLIKIFDEN ELELLMCGLG DVDVNDWRQH SIYKNGYCPN HPVIQWFWKA VLLMDAEKRI RLLQFVTGT SRVPMNGFAE LYGSNGPQLF TIEQWGSPEK LPRAHTCFNR LDLPPYETFE DLREKLLMAV ENAQGFEGVD

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 130 mM KCl, 20 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM TCEP, 3mM CHAPSO
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1.) / 使用した粒子像数: 225759
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1.)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2oni

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2nsq

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9gik:
Full-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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