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- EMDB-50615: Structure of a gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle including... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50615
タイトルStructure of a gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle including mi3 density only.
マップデータCAP255-gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 masked
試料
  • 複合体: CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle
    • タンパク質・ペプチド: CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
キーワードVaccine / HIV-1 / mi3 / Nanoparticle / VLP / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Aldolase-type TIM barrel / lyase activity / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者Woodward JD / Malebo K / Chapman R
資金援助 南アフリカ, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
South African Medical Research Council self-initiated research grant (SAMRC SIR Grant) 南アフリカ
Chan Zuckerberg Initiative2021-240494 米国
引用ジャーナル: Vaccines (Basel) / 年: 2024
タイトル: Development of a Two-Component Nanoparticle Vaccine Displaying an HIV-1 Envelope Glycoprotein that Elicits Tier 2 Neutralising Antibodies.
著者: Kegomoditswe Malebo / Jeremy Woodward / Phindile Ximba / Qiniso Mkhize / Sanele Cingo / Thandeka Moyo-Gwete / Penny L Moore / Anna-Lise Williamson / Rosamund Chapman /
要旨: Despite treatment and other interventions, an effective prophylactic HIV vaccine is still an essential goal in the control of HIV. Inducing robust and long-lasting antibody responses is one of the ...Despite treatment and other interventions, an effective prophylactic HIV vaccine is still an essential goal in the control of HIV. Inducing robust and long-lasting antibody responses is one of the main targets of an HIV vaccine. The delivery of HIV envelope glycoproteins (Env) using nanoparticle (NP) platforms has been shown to elicit better immunogenicity than soluble HIV Env. In this paper, we describe the development of a nanoparticle-based vaccine decorated with HIV Env using the SpyCatcher/SpyTag system. The Env utilised in this study, CAP255, was derived from a transmitted founder virus isolated from a patient who developed broadly neutralising antibodies. Negative stain and cryo-electron microscopy analyses confirmed the assembly and stability of the mi3 into uniform icosahedral NPs surrounded by regularly spaced CAP255 gp140 Env trimers. A three-dimensional reconstruction of CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 clearly showed Env trimers projecting from the centre of each of the pentagonal dodecahedral faces of the NP. To our knowledge, this is the first study to report the formation of SpyCatcher pentamers on the dodecahedral faces of mi3 NPs. To investigate the immunogenicity, rabbits were primed with two doses of DNA vaccines expressing the CAP255 gp150 and a mosaic subtype C Gag and boosted with three doses of the NP-developed autologous Tier 2 CAP255 neutralising antibodies (Nabs) and low levels of heterologous CAP256SU NAbs.
履歴
登録2024年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50615.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50615.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CAP255-gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 masked
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 288 pix.
= 478.656 Å		1.66 Å/pix.
x 288 pix.
= 478.656 Å		1.66 Å/pix.
x 288 pix.
= 478.656 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.662 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0292
最小 - 最大-0.02850201 - 0.077051066
平均 (標準偏差)0.00037828452 (±0.0035312169)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 478.65598 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50615_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50615_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50615_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle

全体名称: CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle
要素
  • 複合体: CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle
    • タンパク質・ペプチド: CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

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超分子 #1: CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle

超分子名称: CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: CAP255 gp140 SpyTag was expressed in HEK293T cells and purified. SpyCatcher mi3 was expressed in
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)
分子量理論値: 4.75 MDa

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分子 #1: CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3,2-dehydro-3-deoxyphosphoglucon...

分子名称: CAP255 gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Model just contains mi3 cage component of NP. Note that SpyCatcher and gp140 are not included in the model.,Model just contains mi3 cage component of NP. Note that SpyCatcher and gp140 are ...詳細: Model just contains mi3 cage component of NP. Note that SpyCatcher and gp140 are not included in the model.,Model just contains mi3 cage component of NP. Note that SpyCatcher and gp140 are not included in the model.,Model just contains mi3 cage component of NP. Note that SpyCatcher and gp140 are not included in the model.,Model just contains mi3 cage component of NP. Note that SpyCatcher and gp140 are not included in the model.
コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)
分子量理論値: 33.894777 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHGSGD SATHIKFSKR DEDGKELAGA TMELRDSSGK TISTWISDGQ VKDFYLYPGK YTFVETAAPD GYEVATAITF TVNEQGQVT VNGKATKGDA HIGGSGGSGG SGGSMKMEEL FKKHKIVAVL RANSVEEAKK KALAVFLGGV HLIEITFTVP D ADTVIKEL ...文字列:
HHHHHHGSGD SATHIKFSKR DEDGKELAGA TMELRDSSGK TISTWISDGQ VKDFYLYPGK YTFVETAAPD GYEVATAITF TVNEQGQVT VNGKATKGDA HIGGSGGSGG SGGSMKMEEL FKKHKIVAVL RANSVEEAKK KALAVFLGGV HLIEITFTVP D ADTVIKEL SFLKEMGAII GAGTVTSVEQ ARKAVESGAE FIVSPHLDEE ISQFAKEKGV FYMPGVMTPT ELVKAMKLGH TI LKLFPGE VVGPQFVKAM KGPFPNVKFV PTGGVNLDNV CEWFKAGVLA VGVGSALVKG TPVEVAEKAK AFVEKIRGCT E

UniProtKB: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClSodium Chloride
25.0 mMC4H11NO3Tris
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Stochastic Gradient Descent
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1439
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9fo3:
Structure of a gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle including mi3 density only.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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