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万見- EMDB-50503: Omicron BA.1 Spike protein with neutralizing NTD specific mAb K501SP6 -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50503 | |||||||||
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タイトル | Omicron BA.1 Spike protein with neutralizing NTD specific mAb K501SP6 | |||||||||
マップデータ | Globally refined map - spike trimer fab | |||||||||
試料 |
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キーワード | Neutralizing Antibody / Conserved Epitope / Covid-19 / Spike / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Enterobacteria phage T4 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Bjoernsson KH / Walker MR / Raghavan SSR / Ward AB / Barfod LK | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Omicron BA.1 Spike protein with neutralizing NTD specific mAb K501SP6 著者: Bjoernsson KH / Walker MR / Raghavan SSR / Ward AB / Barfod LK | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50503.map.gz | 483.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50503-v30.xml emd-50503.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50503_fsc.xml | 23.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50503.png | 99.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50503.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_50503_additional_1.map.gz emd_50503_half_map_1.map.gz emd_50503_half_map_2.map.gz | 483.8 MB 474.6 MB 474.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50503 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50503 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50503_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50503_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50503_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50503_validation.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50503 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50503 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9fjkMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Globally refined map - spike trimer fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ |
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密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Alphacoronavirus
全体 | 名称: Alphacoronavirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Alphacoronavirus
超分子 | 名称: Alphacoronavirus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Omicron BA.1 spike trimer with Fab fragment of human monoclonal antibody K501SP6 produced with hybridoma technology |
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-超分子 #2: Antibody
超分子 | 名称: Antibody / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: Human monoclonal antibody |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Spike glycoprotein with fibritin
超分子 | 名称: Spike glycoprotein with fibritin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Omicron BA.1 spike trimer |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 株: Omicron BA.1 |
-分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin
分子 | 名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 141.481031 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DHKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DHKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ PFLMDLEGKQ GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPILVR EPEDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LA LHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPT ESIVRF PNITNLCPFD EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NLAPFFTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIR GDEVR QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVSGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGV AGFN CYFPLRSYSF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLK GTGVLTESNK KFLPFQ QFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTWRVY STGSNVF QT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHGSAS SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVT T EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLK RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KYFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFKGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGP ALQIPFPMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTP SALGKLQDVV NHNAQALNTL V KQLSSKFG AISSVLNDIF SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FC GKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVS GNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQEL GKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG RSLEVLFQGP GSAWSHPQFE KGGGSGGGGS GGSAWSHPQF EK UniProtKB: Spike glycoprotein, Fibritin |
-分子 #2: K501SP6 Fv Heavy Chain
分子 | 名称: K501SP6 Fv Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.387906 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSIS SRSYYWGWIR QPPGKGLEWI GSIYYSGSTY YNPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKMNSMTA ADTAVYYCAR LRGDEIYYES SGYYSYFDYW GQGTLVTVSS |
-分子 #3: K501SP6 Fv Light Chain
分子 | 名称: K501SP6 Fv Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.002314 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: WAQSALTQPP SVSGAPGQRV AISCTGSSAN IGTADDVHWY QQLPRTAPKL LIYGNNNRPS GVPDRFSGSQ SGTSASLVIT GLQPEDEAD YFCQSYDSSL SGYVFGTGTK VTVLGQPKAA PSVTLFPPSS EELQA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: TBS, pH 7.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 195000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |