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万見- EMDB-50357: Native capsid of Rhodobacter microvirus Ebor computed with I4 symmetry -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50357 | ||||||||||||
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タイトル | Native capsid of Rhodobacter microvirus Ebor computed with I4 symmetry | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | ssDNA virus / Microviridae / Tainavirinae / Alphaproteobacteria / Rhodobacter capsulatus / aquatic virus / jelly-roll fold / VIRUS | ||||||||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア) / Rhodobacter phage Ebor (ファージ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bardy P / MacDonald CIW / Jenkins HT / Chechik M / Hart SJ / Turkenburg JP / Blaza JN / Fogg PCM / Antson AA | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024 タイトル: A stargate mechanism of genome delivery unveiled by cryogenic electron tomography. 著者: Pavol Bardy / Conor I W MacDonald / Paul C Kirchberger / Huw T Jenkins / Tibor Botka / Lewis Byrom / Nawshin T B Alim / Daouda A K Traore / Hannah C König / Tristan R Nicholas / Maria ...著者: Pavol Bardy / Conor I W MacDonald / Paul C Kirchberger / Huw T Jenkins / Tibor Botka / Lewis Byrom / Nawshin T B Alim / Daouda A K Traore / Hannah C König / Tristan R Nicholas / Maria Chechik / Samuel J Hart / Johan P Turkenburg / James N Blaza / J Thomas Beatty / Paul C M Fogg / Alfred A Antson / 要旨: Single-stranded DNA bacteriophages of the family are major components of the global virosphere. Microviruses are highly abundant in aquatic ecosystems and are prominent members of the mammalian gut ...Single-stranded DNA bacteriophages of the family are major components of the global virosphere. Microviruses are highly abundant in aquatic ecosystems and are prominent members of the mammalian gut microbiome, where their diversity has been linked to various chronic health disorders. Despite the clear importance of microviruses, little is known about the molecular mechanism of host infection. Here, we have characterized an exceptionally large microvirus, Ebor, and provide crucial insights into long-standing mechanistic questions. Cryogenic electron microscopy of Ebor revealed a capsid with trimeric protrusions that recognise lipopolysaccharides on the host surface. Cryogenic electron tomography of the host cell colonized with virus particles demonstrated that the virus initially attaches to the cell via five such protrusions, located at the corners of a single pentamer. This interaction triggers a stargate mechanism of capsid opening along the 5-fold symmetry axis, enabling delivery of the virus genome. Despite variations in specific virus-host interactions among different family viruses, structural data indicate that the stargate mechanism of infection is universally employed by all members of the family. Startlingly, our data reveal a mechanistic link for the opening of relatively small capsids made out of a single jelly-roll fold with the structurally unrelated giant viruses. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50357.map.gz | 89.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50357-v30.xml emd-50357.xml | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50357_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50357.png | 89.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50357.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_50357_half_map_1.map.gz emd_50357_half_map_2.map.gz | 140.6 MB 140.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50357 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50357 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50357_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50357_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50357_validation.xml.gz | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50357_validation.cif.gz | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50357 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50357 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50357_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50357_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rhodobacter phage Ebor
全体 | 名称: Rhodobacter phage Ebor (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Rhodobacter phage Ebor
超分子 | 名称: Rhodobacter phage Ebor / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: purified from Rhodobacter capsulatus strain SB1003 by CsCl ultracentrifugation NCBI-ID: 3144506 / 生物種: Rhodobacter phage Ebor / Sci species strain: variant R120 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株: SB1003 |
分子量 | 理論値: 5.7 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Native capsid / 直径: 460.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Ebor variant R120 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア) / 株: SB1003 |
分子量 | 理論値: 55.885539 KDa |
配列 | 文字列: MSYQTKRNVR REARTLMGRF KAGKLAPVMA VPVKGSEGGM LSQSVSFELD PIAGRMATPI TAEMCAVFVP VQACDALKNP EADYAGMTE IVREKLLSGN PLFVLEPETD VSKRCGVNPR RNNGLMRVNE IVRLAHNCAV NFLRRRRYVD AVQLTAANHS T TPAILSQT ...文字列: MSYQTKRNVR REARTLMGRF KAGKLAPVMA VPVKGSEGGM LSQSVSFELD PIAGRMATPI TAEMCAVFVP VQACDALKNP EADYAGMTE IVREKLLSGN PLFVLEPETD VSKRCGVNPR RNNGLMRVNE IVRLAHNCAV NFLRRRRYVD AVQLTAANHS T TPAILSQT VLDRFNGALD PDPNVNGAVQ LSMPDMRLPV ASDAEKAVTA PLTVKRGNEN RRLDAGISRL AAAEVAAATD AA LYAVFGG REAGNVSLTD FYNAQKMDEL TRVMRKICDD NPEYGEEMVL RWAHGLSVDP GRVPFLLAEK SVVLGRQIIG ATD TAGVED GVKRSDMAAQ LSFTVPIPTT ELGGIIVTFA CIKPDETLSS QPHPILADHW RLDNFVADEL ALDPQPVMAR ELDY KVAQA NETTVVFYTG LNELKKTYVS YGLCRALDPN TVESKNAVWQ LEVPLSVTPE TVLYPADLPQ YPFADQQAEV CTYVV QSTA VMPTPMIFGP SPVEQLAVIE TEDLFED |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.75 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 2 sec, blot force 0, wait time 8 sec. | ||||||||||||
詳細 | concentration between 10^10-11 PFU/ml |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 996 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: Related entry - empty capsid |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | PDB-9ffh: |